Χρήση υπολογιστικών πόρων του πανεπιστημίου

[Thmmy.gr portal]

  Thmmy.gr portal
   Forum
   Downloads
   Ενεργ. Λογαριασμού
   Επικοινωνία
  
  Χρήσιμα links
   Σελίδα τμήματος
   Βιβλιοθήκη Τμήματος
   Elearning
   Φοιτητικά fora
   Πρόγραμμα Λέσχης
   Πρακτική Άσκηση
   Ηλεκτρονική Εξυπηρέτηση Φοιτητών
   Διανομή Συγγραμμάτων
   Ψηφιακό Καταθετήριο Διπλωματικών
   Πληροφορίες Καθηγητών
   Instagram @thmmy.gr
   mTHMMY
  
  Φοιτητικές Ομάδες
   ACM
   Aristurtle
   ART
   ASAT
   BEAM
   BEST Thessaloniki
   EESTEC LC Thessaloniki
   EΜΒ Auth
   IAESTE Thessaloniki
   IEEE φοιτητικό παράρτημα ΑΠΘ
   SpaceDot
   VROOM
   Panther
  

THMMY.gr Web

Helios_MultiScribbles2SMF Default ThemeSMFone_Blue

[Ανεβάζετε τα θέματα των εξετάσεων στον τομέα Downloads]

Είσαι πρωτοετής;... Καλώς ήρθες! Μπορείς να βρεις πληροφορίες εδώ. Βοήθεια για τους καινούργιους μέσω χάρτη.

Κατεβάστε εδώ το Android Application για εύκολη πρόσβαση στο forum.

Ανεβάζετε τα θέματα των εξετάσεων στον τομέα Downloads με προσοχή στα ονόματα των αρχείων!

[Admins]

Για αλλαγή του public name σας, επικοινωνήστε με έναν από τους Admins.

[Niri]

Αυτο δηλαδη που πρεπει να κανεις ειναι να φτιαξεις το script σου που καλει τις συναρτησεις matlab που θες και να τα βαλεις στο ιδιο directory για ευκολια.
Μετα πρεπει ολα αυτα να τα μεταφερεις στο $SCRATCHDIR.
Και μετα πρεπει να εκτελεσεις την εντολη qsub toscriptmoy.pbs (οπου βαζεις το ονομα του script σου σαν αρχειο.

Δεν υπαρχει λογος για να ανοιξεις το matlab εσυ στο terminal.
Το βημα 2 το εχει σαν εναλλακτικο τροπο.
Στο script οριζεις εσυ ολες τις συνθηκες και μεταβλητες που θες και μετα απλα το στελνεις για εκτελεση.


Ή εναλλακτικα μπορεις να το τρεξεις στο terminal οπως στο βημα 2 οπου δεν χρειαζεσαι script καθολου ομως δεν ειναι και παρα πολυ δυνατος υπολογιστης για υπολογισμους. Μπορει να μην σου φτανουν οι ποροι που διαθετει.

[princess_of_the_dawn]

ευχαριστώ και τους 2 θα ξανασχοληθώ αύριο γτ κουράστηκα
και θα επιστρέψω δριμύτερη και με νέες δυσανασχετήσεις

[heavy melon]

ε εχουνε σπασει τα νεύρα μου. Λοιπόν γνκ οι εργασίες που θελω να τρέξω είναι χρονοβόρες και το λάπτοπ μου ειναι γτπ, το ντεσκτοπ εχει χαλασει και αν τις τρεξω στο λαπτοπ δε θα τελειωσω ουτε το 2020. Αυτό με την παράλληλη διεργασία πώς το κάνω; Στο βήμα 5 έχει ένα σκριπτ, αυτό που εχω σe πλαίσιο.Έγραψα 1-1 τις εντολες απο το σκριπτ όπου στο cd έδωσα το path απο το directory στο οποιο μετέφερα τα αρχεία μέσω  filezilla, τα οποία έιναι όλα τα σκριπτς που χρειαζομαι+ τα datasets που χρειάζομαι.

Στην ουσία όταν τρέχω κανονικό ματλαβ καλώ μία συνάρτηση(eeglab) η οποία ανοίγει ένα ui στο οποίο φορτώνω ένα dataset, έπειτα τρέχω ένα σκριπτ από το οποίο αποθηκεύω έναν πίνακα .mat και με βάση αυτόν τον .mat τρέχω μία άλλη συνάρτηση, τη χρονοβόρα. Αυτό πώς το κάνω στο terminal?

Δλδ οκ μεταφέρομαι στο directory που με ενδιαφέρει, ανοίγω το ματλαβ και μετά αν πάω να καλέσω τη συνάρτηση eeglab απλα μου λέει ότι δεν υπάρχει. Ντάξει είμαι άσχετη αλλά κι αυτοί το περίπλεξαν κάπως

δεν ξέρω ακριβώς τι κάνεις, αλλά επειδή είδα eeglab, 1ον το έχεις εγκατεστημένο; 2ον έχεις βάλει το path του με addpath('εδώ το path του eeglab');

[princess_of_the_dawn]

εγώ είχα κάνει την δουλειά μου με αυτό :  MobaXterm  https://mobaxterm.mobatek.net/

είχες τρέξει ματλαβ του απθ με αυτό;
αν ναι, ανοιγες το ssh, συνδεόσουν και μετά;
βάζω sudo matlab και μου ζητάει έναν κωδικό και μου λέει ότι δεν έχω permission

[Vlassis]

είχες τρέξει ματλαβ του απθ με αυτό;
αν ναι, ανοιγες το ssh, συνδεόσουν και μετά;
βάζω sudo matlab και μου ζητάει έναν κωδικό και μου λέει ότι δεν έχω permission

γιατί sudo? Νομίζω δεν είναι απαραίτητο (εκτος αν το έχουν ετσι σεταρισμενο)

[Niri]

Λοιπον τωρα που τα ξαναδιαβασα και ειδα οτι εγραψες eeglab νομιζω οτι καταλαβα περιπου τι θες να κανεις.
Μπορεις να χρησιμοποιησεις ειτε το xming ειτε το mobaxterm για να εχεις graphical interface στο matlab. Τα εχω δοκιμασει παλιοτερα στη συστοιχια και λειτουργουσαν κανονικα και τα δυο.
Αφου στησεις ενα απο τα δυο προγραμματα απλα δινεις τις εντολες:

Code:

module load matlab
matlab -c $LM_LICENSE_FILE

και θα δου ανοιξει το graphical interface του matlab.
Με αυτο τον τροπο δεν χρειαζεσαι κανενα εξτρα script για την συστοιχια.

Βεβαιωσου οτι θα τρεξεις αυτη την εντολη στο ιδιο directory με τα αρχεια του eeglab για να μην καθεσαι μετα να τα ψαχνεις ομως μπορεις να αλλαξεις πολυ ευκολα το path απο το οποιο διαβαζει αρχεια το matlab απο το παραθυρο του matlab που σου εχει ανοιξει.

Οπως εχω ξαναναφερει παλιοτερα, οταν τρεχεις το matlab με αυτο τον τροπο, τρεχει σε ενα μεσαιων δυνατοτητων υπολογιστη. Το ιδανικοτερο θα ηταν να φτιαξεις ενα script και να υποβαλεις μια εργασια να εκτελεστει στη συστοιχια. Ομως δεν ξερω κατα ποσο κατι τετοιο ειναι δυνατο με τετοιου ειδους προγραμματα με interface μιας και στη συστοιχια απλα ετοιμαζεις ολα τα δεδομενα, τις μεταβλητες και τα προγραμματα και τα στελνεις απλα για εκτελεση και γινονται ολα αυτοματα.

[princess_of_the_dawn]

Λοιπον τωρα που τα ξαναδιαβασα και ειδα οτι εγραψες eeglab νομιζω οτι καταλαβα περιπου τι θες να κανεις.
Μπορεις να χρησιμοποιησεις ειτε το xming ειτε το mobaxterm για να εχεις graphical interface στο matlab. Τα εχω δοκιμασει παλιοτερα στη συστοιχια και λειτουργουσαν κανονικα και τα δυο.
Αφου στησεις ενα απο τα δυο προγραμματα απλα δινεις τις εντολες:

Code:

module load matlab
matlab -c $LM_LICENSE_FILE

και θα δου ανοιξει το graphical interface του matlab.
Με αυτο τον τροπο δεν χρειαζεσαι κανενα εξτρα script για την συστοιχια.

Βεβαιωσου οτι θα τρεξεις αυτη την εντολη στο ιδιο directory με τα αρχεια του eeglab για να μην καθεσαι μετα να τα ψαχνεις ομως μπορεις να αλλαξεις πολυ ευκολα το path απο το οποιο διαβαζει αρχεια το matlab απο το παραθυρο του matlab που σου εχει ανοιξει.

Οπως εχω ξαναναφερει παλιοτερα, οταν τρεχεις το matlab με αυτο τον τροπο, τρεχει σε ενα μεσαιων δυνατοτητων υπολογιστη. Το ιδανικοτερο θα ηταν να φτιαξεις ενα script και να υποβαλεις μια εργασια να εκτελεστει στη συστοιχια. Ομως δεν ξερω κατα ποσο κατι τετοιο ειναι δυνατο με τετοιου ειδους προγραμματα με interface μιας και στη συστοιχια απλα ετοιμαζεις ολα τα δεδομενα, τις μεταβλητες και τα προγραμματα και τα στελνεις απλα για εκτελεση και γινονται ολα αυτοματα.

παίρνω αυτό

MATLAB is selecting SOFTWARE OPENGL rendering.
License checkout failed.
License Manager Error -1
The license.dat file cannot be found.

Troubleshoot this issue by visiting:
http://www.mathworks.com/support/lme/R2015b/1

Diagnostic Information:
Feature: MATLAB
License path: -prefersoftwareopengl
Licensing error: -1,359. System Error: 2

Βασικά το eeglab δεν είναι θέμα, μπορώ να το τρέξω και στο πισί μου, παίρνει <1min. Η επόμενη συνάρτηση είναι το θέμα που τρέχει άπειρες ώρες. Αυτή δλδ με καίει. Γενικά για να καλέσω μια συνάρτηση, την αποθηκεύω στο directory scratchdir στο username μου με τί κατάληξη; .pbs? Εγώ τα έχω με κατάληξη .m.

[Niri]

Τα αρχεια .pbs ειναι απλα scriptakia για τη συστοιχια με τα οποια λες στη συστοιχια τι θες να τρεξουν και με ποιες παραμετρους. Ειναι αυτες οι εντολες που ειχες βρει και ειχες κανει quote  εδω https://www.thmmy.gr/smf/index.php?topic=71020.msg1230634#msg1230634.
Σε αυτα τα script λες τι θες να τρεξεις (πχ τη συναρτηση σου) και με ποιες παραμετρους, μεταβλητες σε ποσους υπολογιστες κτλ...
Επειτα εκτελεις την εντολη
qsub onomascript.pbs
οπου στελνει το script στη συστοιχια για εκτελεση και μετα η συστοιχια παιρνει τα αρχεια απο το $SCRATHDIR (ή σε οποιο subdirectory εχεις ορισει) και τα εκτελει και σου επιστρεφει τα αποτελεσματα στο ιδιο directory οταν τελειωσει.


Αυτη η διαδικασια δεν εχει σχεση ομως με το ανοιγμα του matlab σε graphical interface που περιεγραψα πιο πριν που δεν χρειαζεται pbs scirpts. Οταν ανοιγεις το matlab οπως περιεγραψα πιο πριν στην πραγματικοτητα το ανοιγεις στον υπολογιστη που συνδεεται με την συστοιχια και χρησιμοποιειται κυριως για να στελνεις εργασιες προς εκτελεση στους υπολογιστες της συστοιχιας. Στη συστοιχια μπορεις να στελνεις εντολες προς εκτελεση μονο με pbs scripts που εχεις προκαθορισει απο πριν τις προδιαγραφες που θες να τρεξεις. Γιαυτο και δεν ξερω κατα ποσο ειναι δυνατο να τρεξεις μια συναρτηση που ξεκιναει απο graphical interface. Ιδανικα θα επρεπε να μετασχηματιστει η συναρτηση να ξεκιναει απο τερμιναλ κανονικα και να στελνεις απο εκει τα δεδομενα.


Οσον αφορα το σφαλμα που σου βγαζει με το license του matlab δεν ξερω τι παιζει. Εγω μπαινω κανονικα ακομα και τωρα που δοκιμασα να μπω. Δοκιμασε να ξαναδωσεις τις εντολες και να ξαναμπεις μηπως ειχε προσωρινα κανενα προβλημα με τα licenses, αλλιως καλεσε το ΚΗΔ.

[johnvoyager]

είχες τρέξει ματλαβ του απθ με αυτό;
αν ναι, ανοιγες το ssh, συνδεόσουν και μετά;
βάζω sudo matlab και μου ζητάει έναν κωδικό και μου λέει ότι δεν έχω permission

είχα τρέξει matlab , το προγραμματάκι αυτό είναι 2 σε 1, δηλαδή και ssh και filezilla με γραφικό περιβάλλον

συνδέεσαι με ssh και μετά μπορείς να ανοίξεις matlab με γραφικό περιβάλλον ( αν και έκανε μπόλικη ώρα να ανοίξει )

εδιτ:  νομίζω απλά σκέτο matlab έγραφα στην κονσόλα , για να ανοίξει, αλλά δεν θυμάμαι με σιγουριά, έχει περάσει καιρός  :/

[Xplicit]

Για να ανοίξεις το γραφικό περιβάλλον δοκίμασε να γράψεις απλά matlab. Επίσης δεν νομίζω να παίζει ρόλο η κατάληξη του αρχείου στα Linux. Σύμβαση για ευκολία πρέπει να είναι.

[princess_of_the_dawn]

@Niri,είχες δίκιο απλά είχε κολλησει χθες, μια χαρά άνοιε σήμερα το γραφικό περιβάλλον
 τώρα βέβαια έχω κάτι θέματα σε κάποιες συναρτησούλες αλλά θα το βρώ ελπίζω
εδιτ:βασικά μου βγάζει αυτό

To use 'nanmax', you might need:
  nanmax - Financial Toolbox
  nanmax - Statistics and Machine Learning Toolbox

επίσης ο τρόπος με τις 4 παράλληλες διεργασίες, όταν πατάω qsub myscript.pbs μου εμφανίζει ότι το αρχείο δε φορτώθηκε γιατί δεν υπάρχει ή κάτι τέτοιο

edit2: κάλεσα τη συνάρτηση στην παράλληλη συστοιχία, άντε να δούμε

[heavy melon]

ναι άρα λείπουν τα συγκεκριμένα toolbox που ή θα τα βρεις μεμονωμένα (εγώ δε το κατάφερα ποτέ) ή πρέπει να έχεις matlab που τα περιέχει. το ότι έχει εκεί παμπάλαιο matlab δεν είναι ενθαρρυντικο κι απορω γιατί δε βάζουν πιο καινούριο

[Xplicit]

Μάλλον γιατι το ΑΠΘ δεν ψήνεται και πολύ να δώσει λεφτά. Το matlab μαζι με όλα τα toolbox που έχει είναι πανάκριβο.

[princess_of_the_dawn]

Δε δούλεψε το qsub, 15 έρρορς μου βγαλε.

Ισχύει ότι το ματλαβ τους δεν είναι και το καλύτερο, ωστόσο στη δική μου περίπτωση μικρό το κακό, απλά αντικατέστησα την εν λόγω συνάρτηση με μια απλή max με ενεργοποιημένο το flag 'omitnan' ελπίζω να είναι το ίδιο πράμα και να μην έκανα καμιά μαλακία.

[Niri]

Το matlab τους πραγματι δεν εχει τοσα toolboxes οσα θα ειχε ενα πειρατικο που θα κατεβαζε καποιος.
Ενδεικτικα βρηκα οτι εχει αυτα εγκατεστημενα:
Simulink                                                       Version 8.6         (R2015b)
Control System Toolbox                                Version 9.10        (R2015b)
Neural Network Toolbox                                Version 8.4         (R2015b)
Parallel Computing Toolbox                            Version 6.7         (R2015b)
Signal Processing Toolbox                             Version 7.1         (R2015b)

Ομως η εκδοση του matlab τους ειναι η 2015b. Δεν ειναι και η πιο προσφατη αλλα δεν τη λες και παμπαλαια. Εγω για παραδειγμα εχω 2013 στο laptop μου και δουλευει ακομα αψογα.