THMMY.gr

Δε ξέρω πώς αλλιώς να το πώ. Ο σταθερός μου έχει για 1000οστή φορά θέμα με το σκληρό και το λάπτοπ μου είναι της πλάκας. Και χρειάζομαι ένα καλό πισι για να τρέξω δεδομένα σε μάτλαμπ. Έκανα απομακρυσμένη διασύνδεση σε υπολογιστή του ΑΠΘ αλλά έχει ματλαβ του 2003  :'( . Υπάρχει κάποιος άλλος τρόπος να χρησιμοποιώ υπολογιστικούς πόρους του πανεπιστημίου για να κάνω τη δουλειά μου; Ή κάποια άλλη λύση;

Θα μπορουσες να χρησιμοποιησεις την υπολογιστικη συστοιχια του απθ.
Προσφερεται για απαιτητικες δουλειες και μπορει και να τρεχει προγραμματα παραλληλα σε πολλους υπολογιστες.

Το αρνητικο ειναι οτι συνδεεσαι μεσω terminal και μπορει να σου παρει αρκετη ωρα να συνηθισεις το πως δουλευει αν το κανεις για πρωτη φορα.

Αν βρεις καποια πιο ευκολη λυση σου προτεινω να επιλεξεις εκεινη. Αλλιως εδω υπαρχουν οδηγιες για το πως να χρησιμοποιησεις την συστοιχια για matlab.
https://it.auth.gr/el/sciComp/Computing-Services/manuals/matlab

Εισ εσυ ένας Νίρι :-*
Ευχαριστώ πολύ σήμερα κιόλας θα το προσπαθήσω και θα ενημερώσω

Έχω κάνει αίτηση από το Σάββατο κι ακόμη να πάρω απάντηση. Τί φάση πόσο αργούνε βιάζομαιιιιι

για να τρέξω τα αρχεία μου σε μάτλαμπ πρέπει να μεταφέρω όλα τα σκριπτς και τα αρχεία δεδομένων στο ματλαβ, σωστά;

yeap να ειναι ολα στο path που τρεχεις στο matlab  ;)

αρχικά δε ξέρω τί μαλακίες έχω κάνει αλλά δε μπορώ να μεταφέρω αρχεία στο directory του σερβερ
https://it.auth.gr/el/scientific-computing-services/manuals/Win-2
μέχρι το 3 είμαι καλά αλλά όταν κάνω drag n drop τα αρχεία μου λέει permission is ντινάηντ

βοήθειααααααααααααααααααα

Ισως να πρεπει να φτιαξεις τα permissions στον φακελο που το κανεις drag n drop.

Ισως να εχει και κανενα bug το winscp. Μια φορα που το ειχα χρησιμοποιησει μου προκαλεσε αρκετα προβληματα. Εγω παντα χρησιμοποιουσα το Filezilla για να κανω μεταφορα αρχειων παντως και δεν ειχα κανενα τετοιο προβλημα ποτε. Μπορεις να το δοκιμασεις και εσυ. Απλα μην ξεχασεις να βαλεις sftp:// στο url αντι για το απλο ftp://.

εγώ είχα κάνει την δουλειά μου με αυτό :  MobaXterm  https://mobaxterm.mobatek.net/ (https://mobaxterm.mobatek.net/)

+1

Προς το παρόν το filezilla δουλεύει τζιτζιλόνι. Αν αντιμετωπίσω θέμα, θα πάω στο άλλο. Επίσης μείνετε συντονισμένες και συντονισμένοι όλο και κάποιο πρόβλημα θα έχω ωσονούπω.

Απλα να αναφερω ενα προβλημα που ισως να συναντησεις.

Οταν τρεχεις το matlab απο το terminal οπως αναφερεται στο βημα 2 του πρωτου link που εχω στειλει, τοτε το matlab τρεχει σε εναν υπολογιστη μεσαιων δυνατοτητων και μπορει για απαιτητικες εργασιες να μην μπορει να τις τρεξει.

Για απαιτητικες δουλειες χρειαζεται να υποβαλεις τον κωδικα να τρεξει στην συστοιχια οπως φαινεται απο το βημα 3 και κατω.

Δηλαδη το βημα 2 ειναι πιο πολυ για να δοκιμαζεις τον κωδικα σου αν τρεχει καλα και το βημα 3 και κατω για να τον εκτελεις.
Βεβαια αν δεν εχεις πολυ απαιτητικους υπολογισμους μπορεις να τα τρεχεις ολα οπως το βημα 2. :)

ε εχουνε σπασει τα νεύρα μου. Λοιπόν γνκ οι εργασίες που θελω να τρέξω είναι χρονοβόρες και το λάπτοπ μου ειναι γτπ, το ντεσκτοπ εχει χαλασει και αν τις τρεξω στο λαπτοπ δε θα τελειωσω ουτε το 2020. Αυτό με την παράλληλη διεργασία πώς το κάνω; Στο βήμα 5 έχει ένα σκριπτ, αυτό που εχω σe πλαίσιο.Έγραψα 1-1 τις εντολες απο το σκριπτ όπου στο cd έδωσα το path απο το directory στο οποιο μετέφερα τα αρχεία μέσω  filezilla, τα οποία έιναι όλα τα σκριπτς που χρειαζομαι+ τα datasets που χρειάζομαι.

Στην ουσία όταν τρέχω κανονικό ματλαβ καλώ μία συνάρτηση(eeglab) η οποία ανοίγει ένα ui στο οποίο φορτώνω ένα dataset, έπειτα τρέχω ένα σκριπτ από το οποίο αποθηκεύω έναν πίνακα .mat και με βάση αυτόν τον .mat τρέχω μία άλλη συνάρτηση, τη χρονοβόρα. Αυτό πώς το κάνω στο terminal?

Δλδ οκ μεταφέρομαι στο directory που με ενδιαφέρει, ανοίγω το ματλαβ και μετά αν πάω να καλέσω τη συνάρτηση eeglab απλα μου λέει ότι δεν υπάρχει. Ντάξει είμαι άσχετη αλλά κι αυτοί το περίπλεξαν κάπως :-\

Δεν γνωρίζω και πολλά απο Matlab για να βοηθήσω. Νομίζω οτι υπάρχει όμως η δυνατότητα να ανοίξει το γραφικό περιβάλλον του matlab μέσω ssh. Χρειάζεται το X11 forwarding. Με linux είναι αρκετά εύκολο. Σε windows θα παιδευτείς σίγουρα περισσότερο. Δές αυτό το βιντεάκι μήπως σε βοηθήσει.
https://www.youtube.com/watch?v=QRsma2vkEQE

Αρχικα πρεπει να ορισεις μια ουρα στο script.
Δηλαδη καπως ετσι:
#PBS -q oura
οπου αντι για oura βαζεις το ονομα ουρας που σου εχουν δωσει και μπορεις να χρησιμοποιεις. Νομιζω η κανονικη ουρα λεγοταν auth αλλα δεν ειμαι και σιγουρος.

Επιπλεον να εχεις υποψιν σου οτι για να υποβαλεις αρχεια για εκτελεση, τα αρχεια πρεπει να βρισκονται στο directory $SCRATCHDIR. Δηλαδη πρεπει να μπεις απο το filezilla στο $SCRATCHDIR που ειναι το /mnt/scratchdir/home/username και να βαλεις εκει τα αρχεια (οπου username ειναι το δικο σου username). (Η συστοιχια δεν μπορει δηλαδη να δει και να εκτελεσει τα αρχεια αν βρισκονται στο αρχικο directory που σε βγαζει οταν συνδεεσαι. Πρεπει να μπουν στο $SCRATCHDIR)

Θα σου συνιστουσα να προσπαθησεις αρχικα να τρεξεις ενα πολυ απλο προγραμματακι matlab για να δεις πως δουλευει και αν ειναι ολα ρυθμισμενα σωστα και μετα πας στα πιο πολυπλοκα.


Επισης δεν ξερω αν εγω δεν καταλαβα καλα τι γραφεις ομως τη συναρτηση eeglab  πρεπει να την καλεσεις μεσα απο το script και μετα να δωσεις την εντολη στο terminal:
qsub sript.pbs
Το βημα 2 δηλαδη που αναφερεται στο λινκ δεν εχει καμια σχεση με την εκτελεση κωδικα σε συστοιχια. Απλα ειναι για δικη σου διευκολυνση.

Αυτο δηλαδη που πρεπει να κανεις ειναι να φτιαξεις το script σου που καλει τις συναρτησεις matlab που θες και να τα βαλεις στο ιδιο directory για ευκολια.
Μετα πρεπει ολα αυτα να τα μεταφερεις στο $SCRATCHDIR.
Και μετα πρεπει να εκτελεσεις την εντολη qsub toscriptmoy.pbs (οπου βαζεις το ονομα του script σου σαν αρχειο.

Δεν υπαρχει λογος για να ανοιξεις το matlab εσυ στο terminal.
Το βημα 2 το εχει σαν εναλλακτικο τροπο.
Στο script οριζεις εσυ ολες τις συνθηκες και μεταβλητες που θες και μετα απλα το στελνεις για εκτελεση.


Ή εναλλακτικα μπορεις να το τρεξεις στο terminal οπως στο βημα 2 οπου δεν χρειαζεσαι script καθολου ομως δεν ειναι και παρα πολυ δυνατος υπολογιστης για υπολογισμους. Μπορει να μην σου φτανουν οι ποροι που διαθετει.

ευχαριστώ και τους 2 θα ξανασχοληθώ αύριο γτ κουράστηκα
και θα επιστρέψω δριμύτερη και με νέες δυσανασχετήσεις

δεν ξέρω ακριβώς τι κάνεις, αλλά επειδή είδα eeglab, 1ον το έχεις εγκατεστημένο; 2ον έχεις βάλει το path του με addpath('εδώ το path του eeglab');

είχες τρέξει ματλαβ του απθ με αυτό;
αν ναι, ανοιγες το ssh, συνδεόσουν και μετά;
βάζω sudo matlab και μου ζητάει έναν κωδικό και μου λέει ότι δεν έχω permission

γιατί sudo? Νομίζω δεν είναι απαραίτητο (εκτος αν το έχουν ετσι σεταρισμενο)

Λοιπον τωρα που τα ξαναδιαβασα και ειδα οτι εγραψες eeglab νομιζω οτι καταλαβα περιπου τι θες να κανεις.
Μπορεις να χρησιμοποιησεις ειτε το xming ειτε το mobaxterm για να εχεις graphical interface στο matlab. Τα εχω δοκιμασει παλιοτερα στη συστοιχια και λειτουργουσαν κανονικα και τα δυο.
Αφου στησεις ενα απο τα δυο προγραμματα απλα δινεις τις εντολες:
και θα δου ανοιξει το graphical interface του matlab.
Με αυτο τον τροπο δεν χρειαζεσαι κανενα εξτρα script για την συστοιχια.

Βεβαιωσου οτι θα τρεξεις αυτη την εντολη στο ιδιο directory με τα αρχεια του eeglab για να μην καθεσαι μετα να τα ψαχνεις ομως μπορεις να αλλαξεις πολυ ευκολα το path απο το οποιο διαβαζει αρχεια το matlab απο το παραθυρο του matlab που σου εχει ανοιξει.

Οπως εχω ξαναναφερει παλιοτερα, οταν τρεχεις το matlab με αυτο τον τροπο, τρεχει σε ενα μεσαιων δυνατοτητων υπολογιστη. Το ιδανικοτερο θα ηταν να φτιαξεις ενα script και να υποβαλεις μια εργασια να εκτελεστει στη συστοιχια. Ομως δεν ξερω κατα ποσο κατι τετοιο ειναι δυνατο με τετοιου ειδους προγραμματα με interface μιας και στη συστοιχια απλα ετοιμαζεις ολα τα δεδομενα, τις μεταβλητες και τα προγραμματα και τα στελνεις απλα για εκτελεση και γινονται ολα αυτοματα.

παίρνω αυτό

Βασικά το eeglab δεν είναι θέμα, μπορώ να το τρέξω και στο πισί μου, παίρνει <1min. Η επόμενη συνάρτηση είναι το θέμα που τρέχει άπειρες ώρες. Αυτή δλδ με καίει. Γενικά για να καλέσω μια συνάρτηση, την αποθηκεύω στο directory scratchdir στο username μου με τί κατάληξη; .pbs? Εγώ τα έχω με κατάληξη .m.

Τα αρχεια .pbs ειναι απλα scriptakia για τη συστοιχια με τα οποια λες στη συστοιχια τι θες να τρεξουν και με ποιες παραμετρους. Ειναι αυτες οι εντολες που ειχες βρει και ειχες κανει quote  εδω https://www.thmmy.gr/smf/index.php?topic=71020.msg1230634#msg1230634.
Σε αυτα τα script λες τι θες να τρεξεις (πχ τη συναρτηση σου) και με ποιες παραμετρους, μεταβλητες σε ποσους υπολογιστες κτλ...
Επειτα εκτελεις την εντολη
qsub onomascript.pbs
οπου στελνει το script στη συστοιχια για εκτελεση και μετα η συστοιχια παιρνει τα αρχεια απο το $SCRATHDIR (ή σε οποιο subdirectory εχεις ορισει) και τα εκτελει και σου επιστρεφει τα αποτελεσματα στο ιδιο directory οταν τελειωσει.


Αυτη η διαδικασια δεν εχει σχεση ομως με το ανοιγμα του matlab σε graphical interface που περιεγραψα πιο πριν που δεν χρειαζεται pbs scirpts. Οταν ανοιγεις το matlab οπως περιεγραψα πιο πριν στην πραγματικοτητα το ανοιγεις στον υπολογιστη που συνδεεται με την συστοιχια και χρησιμοποιειται κυριως για να στελνεις εργασιες προς εκτελεση στους υπολογιστες της συστοιχιας. Στη συστοιχια μπορεις να στελνεις εντολες προς εκτελεση μονο με pbs scripts που εχεις προκαθορισει απο πριν τις προδιαγραφες που θες να τρεξεις. Γιαυτο και δεν ξερω κατα ποσο ειναι δυνατο να τρεξεις μια συναρτηση που ξεκιναει απο graphical interface. Ιδανικα θα επρεπε να μετασχηματιστει η συναρτηση να ξεκιναει απο τερμιναλ κανονικα και να στελνεις απο εκει τα δεδομενα.


Οσον αφορα το σφαλμα που σου βγαζει με το license του matlab δεν ξερω τι παιζει. Εγω μπαινω κανονικα ακομα και τωρα που δοκιμασα να μπω. Δοκιμασε να ξαναδωσεις τις εντολες και να ξαναμπεις μηπως ειχε προσωρινα κανενα προβλημα με τα licenses, αλλιως καλεσε το ΚΗΔ.

είχα τρέξει matlab , το προγραμματάκι αυτό είναι 2 σε 1, δηλαδή και ssh και filezilla με γραφικό περιβάλλον

συνδέεσαι με ssh και μετά μπορείς να ανοίξεις matlab με γραφικό περιβάλλον ( αν και έκανε μπόλικη ώρα να ανοίξει )

εδιτ:  νομίζω απλά σκέτο matlab έγραφα στην κονσόλα , για να ανοίξει, αλλά δεν θυμάμαι με σιγουριά, έχει περάσει καιρός  :/

Για να ανοίξεις το γραφικό περιβάλλον δοκίμασε να γράψεις απλά matlab. Επίσης δεν νομίζω να παίζει ρόλο η κατάληξη του αρχείου στα Linux. Σύμβαση για ευκολία πρέπει να είναι.

@Niri,είχες δίκιο απλά είχε κολλησει χθες, μια χαρά άνοιε σήμερα το γραφικό περιβάλλον
 τώρα βέβαια έχω κάτι θέματα σε κάποιες συναρτησούλες αλλά θα το βρώ ελπίζω
εδιτ:βασικά μου βγάζει αυτό

επίσης ο τρόπος με τις 4 παράλληλες διεργασίες, όταν πατάω qsub myscript.pbs μου εμφανίζει ότι το αρχείο δε φορτώθηκε γιατί δεν υπάρχει ή κάτι τέτοιο

edit2: κάλεσα τη συνάρτηση στην παράλληλη συστοιχία, άντε να δούμε

ναι άρα λείπουν τα συγκεκριμένα toolbox που ή θα τα βρεις μεμονωμένα (εγώ δε το κατάφερα ποτέ) ή πρέπει να έχεις matlab που τα περιέχει. το ότι έχει εκεί παμπάλαιο matlab δεν είναι ενθαρρυντικο κι απορω γιατί δε βάζουν πιο καινούριο

Μάλλον γιατι το ΑΠΘ δεν ψήνεται και πολύ να δώσει λεφτά. Το matlab μαζι με όλα τα toolbox που έχει είναι πανάκριβο.

Δε δούλεψε το qsub, 15 έρρορς μου βγαλε. :'(

Ισχύει ότι το ματλαβ τους δεν είναι και το καλύτερο, ωστόσο στη δική μου περίπτωση μικρό το κακό, απλά αντικατέστησα την εν λόγω συνάρτηση με μια απλή max με ενεργοποιημένο το flag 'omitnan' ελπίζω να είναι το ίδιο πράμα και να μην έκανα καμιά μαλακία.

Το matlab τους πραγματι δεν εχει τοσα toolboxes οσα θα ειχε ενα πειρατικο που θα κατεβαζε καποιος.
Ενδεικτικα βρηκα οτι εχει αυτα εγκατεστημενα:
Simulink                                                       Version 8.6         (R2015b)
Control System Toolbox                                Version 9.10        (R2015b)
Neural Network Toolbox                                Version 8.4         (R2015b)
Parallel Computing Toolbox                            Version 6.7         (R2015b)
Signal Processing Toolbox                             Version 7.1         (R2015b)

Ομως η εκδοση του matlab τους ειναι η 2015b. Δεν ειναι και η πιο προσφατη αλλα δεν τη λες και παμπαλαια. Εγω για παραδειγμα εχω 2013 στο laptop μου και δουλευει ακομα αψογα.

Πρίν λίγο είδα ότι υπάρχει και το Matlab-2017b. Απλά η default έκδοση είναι το 2015b. Κάνοντας το κατάλληλο module load μπορείς να το χρησιμοποιήσεις, φαντάζομαι.

Εχεις δικιο. Κανοντας
module load matlab/2017b
μπορεις να χρησιμοποιησεις την εκδοση του 2017b. Oμως και παλι δεν εχει παραπανω toolboxes εγκατεστημενα δυστυχως.

Η μόνη λύση ειναι εναλλακτικές εντολές, όπου είναι δυνατόν :-\
Εγώ παντως εγκατέλειψα το όλο εγχείρημα σας ευχαριστώ πολύ όλους και ιδίως την/τον Νίρι :-*