[Παράλληλα και Διανεμημένα Συστ.] Εργασία 2

[Thmmy.gr portal]

  Thmmy.gr portal
   Forum
   Downloads
   Ενεργ. Λογαριασμού
   Επικοινωνία
  
  Χρήσιμα links
   Σελίδα τμήματος
   Βιβλιοθήκη Τμήματος
   Elearning
   Φοιτητικά fora
   Πρόγραμμα Λέσχης
   Πρακτική Άσκηση
   Ηλεκτρονική Εξυπηρέτηση Φοιτητών
   Διανομή Συγγραμμάτων
   Ψηφιακό Καταθετήριο Διπλωματικών
   Πληροφορίες Καθηγητών
   Instagram @thmmy.gr
   mTHMMY
  
  Φοιτητικές Ομάδες
   ACM
   Aristurtle
   ART
   ASAT
   BEAM
   BEST Thessaloniki
   EESTEC LC Thessaloniki
   EΜΒ Auth
   IAESTE Thessaloniki
   IEEE φοιτητικό παράρτημα ΑΠΘ
   SpaceDot
   VROOM
   Panther
  

THMMY.gr Web

Helios_MultiScribbles2SMF Default ThemeSMFone_Blue

[Ανεβάζετε τα θέματα των εξετάσεων στον τομέα Downloads]

Είσαι πρωτοετής;... Καλώς ήρθες! Μπορείς να βρεις πληροφορίες εδώ. Βοήθεια για τους καινούργιους μέσω χάρτη.

Κατεβάστε εδώ το Android Application για εύκολη πρόσβαση στο forum.

Ανεβάζετε τα θέματα των εξετάσεων στον τομέα Downloads με προσοχή στα ονόματα των αρχείων!

Για οποιοδήποτε πρόβλημα με register/login, στείλτε email στο contact@thmmy.gr.

[Terzos]

Ξέρει κανείς πως περνάμε τα arguments στο πρόγραμμα στο script?

[ReMi0s]

Ξέρει κανείς πως περνάμε τα arguments στο πρόγραμμα στο script?

Code:

#PBS -N game-of-life
#PBS -q pdlab
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=1

module load mpi/mpich3-x86_64

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "====test Run starts now ======= `date` "

mpiexec -np $PBS_NP ./game-of-life 20000 20000 0.5 3 0 8 &> $PBS_JOBNAME.log

echo "====test Run ends now ======= `date` "

και τα αλλάζεις εσύ για κάθε διαφορετικό τεστ.
Δεν είναι πολλές οι δοκιμές άλλωστε

[Terzos]

Ευχαριστώ 

Δεν ξέρω άμα έχει σημασία αλλά όταν λέει 80000x40000 το 80 είναι οι στήλες και το 40 οι γραμμές;

[ReMi0s]

Ναι συνήθως έτσι συμβολίζεται  
Σορρυ μπερδεύτηκα το ανάποδο απο αυτό που είπες

Μπορεί κάποιος να εξηγήσει τι διαφορά έχει το MPI-3 που ζητάει στην εκφώνηση;

[ditroo]

80x40 είναι 80 γραμμές και 40 στήλες

[Vlassis]

η συνάρτηση adjacent_to() που υπαρχει μεσα στο helpers.c, υπολογιζει τον αριθμο ολων των γειτονων;
νομιζω οτι μετραει μονο 4 γειτονες, ή το χανω καπου;

[Ancient]

η συνάρτηση adjacent_to() που υπαρχει μεσα στο helpers.c, υπολογιζει τον αριθμο ολων των γειτονων;
νομιζω οτι μετραει μονο 4 γειτονες, ή το χανω καπου;

8 γείτονες :

k=-1: (x-1, y-1), (x-1, y) , (x-1, y+1),

k=0:  (x, y-1), (x,y) το προσπερνά, (x, y+1),

k=1: (x+1, y-1), (x+1, y), (x+1, y+1)

[Vlassis]

8 γείτονες :

k=-1: (x-1, y-1), (x-1, y) , (x-1, y+1),

k=0:  (x, y-1), (x,y) το προσπερνά, (x, y+1),

k=1: (x+1, y-1), (x+1, y), (x+1, y+1)

ωω ναι true για καποιο λογο σκεφτομουν το k || l ως k && l, σκαλωμα
θενξξ 

[Andromedas]

Μπορεί κάποιος να εξηγήσει τι διαφορά έχει το MPI-3 που ζητάει στην εκφώνηση;

Από το mpi-1 ή το mpi-2 έχει κάποια χαρακτηριστικά παραπάνω.
Συγκεκριμένα ζητάει στην εκφώνηση RMA που είναι (νομίζω) μόνο στο MPI3 αλλά ρώτησα τον Φλώρο και είπε ότι μπορoύμε να το κάνουμε όπως θέλουμε και ότι για ευκολία μας έγραψε RMA.
Έχω να πω όμως το εξής: χθες το έκανα να επικοινωνεί με RMA (στο pc μου) και επειδή τα παραδείγματα κώδικα είναι λίγα (πιο λίγα από τα αντίστοιχα send και receive) έχει πολύ steep learning curve αλλά είναι όταν το βγάλεις μια φορά είναι λίγο πιο γρήγορο στο να το γράψεις από το send-receive.
Εάν θες να πω περισσότερα για RMA πες.

[kaspas]

Εγώ πάντως είδα οτι για 40000*40000 που ζητάει μόνο το init+generate παίρνει πάνω απο 120 δευτερόλεπτα. Δεν μπαίνει οπότε ουτε καν στην play.
Και το γαμάτο είναι οτι δεν μπορείς να πειράξεις με OpenMp την generate, η τουλάχιστον εγώ δεν το κατάφερα να μου δώσει καλύτερους χρόνους...

Αλήθεια είναι κανείς που έκανε την Generate να δίνει καλύτερους χρόνους;

Τελικά κατάφερα να το τρέξω για 40000*40000 , είχα κάνει λάθος στην generate και αντί να γεμίζει τον πίνακα μια μια γραμμή, τον γέμμιζε μια μια στήλη. Δεν ξέρω για ποιο λόγο  αλλα το αποτέλεσμα ήταν ΠΟΛΥ χειρότερο έτσι, ενώ στην ουσία κάνει τον ίδιο αριθμό πράξεων.
Για όσους ίσως έχουν παρόμοιο πρόβλημα.

Τελικά παραλληλοποίησες με openmp την generate;
Εμένα βγαίνει πολύ αργή.
Στο hellasgrid ακόμη μου βγάζει wall time

Code:

==== Run starts now ======= Fri Dec 16 01:19:32 EET 2016 
=>> PBS: job killed: walltime 151 exceeded limit 120

[lodi]

Γνωρίζει κανείς αν η άσκηση χρειάζεται Virtual Topology ? Ευχαριστώ.

[Andromedas]

Γνωρίζει κανείς αν η άσκηση χρειάζεται Virtual Topology ? Ευχαριστώ.

Γενικά κάποιον τρόπο πρέπει να βρεις να κάνεις τις επικοινωνίες με τις διεργασίες που γειτονεύουν. Τώρα επειδή υπάρχουν διαγώνιες επικοινωνίες δεν έχω βρει πως από την ενσωματωμένη cart (Cartesian topology) να κάνεις και κυκλική και διαγώνια "ομάδα" ή κάποιον άλλον τρόπο. Με γράφους δεν βρήκα κάτι αλλά δεν είμαι σίγουρος.

[ReMi0s]

Τελικά παραλληλοποίησες με openmp την generate;
Εμένα βγαίνει πολύ αργή.
Στο hellasgrid ακόμη μου βγάζει wall time

Code:

==== Run starts now ======= Fri Dec 16 01:19:32 EET 2016 
=>> PBS: job killed: walltime 151 exceeded limit 120

όχι δεν τα κατάφερα γιατί μάλλον η rand() δεν είναι thread safe. Ωστόσο δες μήπως έχεις βάλει να γίνεται στήλη στήλη αντί για σειρα σειρά. Εγώ το είχα αφήσει καταλάθος έτσι και οι χρόνοι ήταν χάλια.
Βέβαια για μικρους πίνακες μου δίνει καλά αποτελέσματα, αλλα για μεγάλους μου δίνει χειρότερους με OpenMP.... ΔΕΝ ξέρω
Επίσης μπορείς να παραλείψεις το init, αν και δεν επιβαρύνει ιδιαίτερα

Από το mpi-1 ή το mpi-2 έχει κάποια χαρακτηριστικά παραπάνω.
Συγκεκριμένα ζητάει στην εκφώνηση RMA που είναι (νομίζω) μόνο στο MPI3 αλλά ρώτησα τον Φλώρο και είπε ότι μπορoύμε να το κάνουμε όπως θέλουμε και ότι για ευκολία μας έγραψε RMA.
Έχω να πω όμως το εξής: χθες το έκανα να επικοινωνεί με RMA (στο pc μου) και επειδή τα παραδείγματα κώδικα είναι λίγα (πιο λίγα από τα αντίστοιχα send και receive) έχει πολύ steep learning curve αλλά είναι όταν το βγάλεις μια φορά είναι λίγο πιο γρήγορο στο να το γράψεις από το send-receive.
Εάν θες να πω περισσότερα για RMA πες.

Φίλε μου άμα έδινες κάποιο Link που να περιέχει τις εντολές για MPI3 θα ήμουν ευγνώμων

[Andromedas]

Φίλε μου άμα έδινες κάποιο Link που να περιέχει τις εντολές για MPI3 θα ήμουν ευγνώμων

εγώ διάβασα τα tutorial από εδώ.
https://www.mpich.org/ αλλά το Mpi 3 από το link που δίνει  η εκφώνηση σου λέει τι αλλαγές έχει το MPI3. Οπότε μπορείς να βρεις από το internet ότι θες.  Τα tutorial https://www.mpich.org/documentation/guides/ του argonne advanced έχει παράδειγμα του RMA σχετικά νωρίς. Τωρα έχεις και τα DOC που έχουν όλες τις εντολές.

[ReMi0s]

Είσαι ωραίος, αυτό το ppt θα με βοηθήσει πολύ.
Γενικά έχω τελειώσει την υλοποίηση μου με Isend και Irecv. Χρειάζεται να την αλλάξω σε shared memmory?