[Παράλληλα και Διανεμημένα Συστ.] Εργασία 2

[Thmmy.gr portal]

  Thmmy.gr portal
   Forum
   Downloads
   Ενεργ. Λογαριασμού
   Επικοινωνία
  
  Χρήσιμα links
   Σελίδα τμήματος
   Βιβλιοθήκη Τμήματος
   Elearning
   Φοιτητικά fora
   Πρόγραμμα Λέσχης
   Πρακτική Άσκηση
   Ηλεκτρονική Εξυπηρέτηση Φοιτητών
   Διανομή Συγγραμμάτων
   Ψηφιακό Καταθετήριο Διπλωματικών
   Πληροφορίες Καθηγητών
   Instagram @thmmy.gr
   mTHMMY
  
  Φοιτητικές Ομάδες
   ACM
   Aristurtle
   ART
   ASAT
   BEAM
   BEST Thessaloniki
   EESTEC LC Thessaloniki
   EΜΒ Auth
   IAESTE Thessaloniki
   IEEE φοιτητικό παράρτημα ΑΠΘ
   SpaceDot
   VROOM
   Panther
  

THMMY.gr Web

Helios_MultiScribbles2SMF Default ThemeSMFone_Blue

[Ανεβάζετε τα θέματα των εξετάσεων στον τομέα Downloads]

Είσαι πρωτοετής;... Καλώς ήρθες! Μπορείς να βρεις πληροφορίες εδώ. Βοήθεια για τους καινούργιους μέσω χάρτη.

Κατεβάστε εδώ το Android Application για εύκολη πρόσβαση στο forum.

Ανεβάζετε τα θέματα των εξετάσεων στον τομέα Downloads με προσοχή στα ονόματα των αρχείων!

[12:00-13:30]

Η γραμματεία είναι ανοιχτή καθημερινά 12:00-13:30

[Vlassis]

Topic που αφορά την 2η εργασία του μαθήματος. Stay on topic!

Η  2η  εργασία  έχει  ανακοινωθεί  στο  Περιεχόμενα/Ασκήσεις.
εκφώνηση: http://alexander.ee.auth.gr:8083/eTHMMY/archive/173/downloadFile/6622/game-of-life.pdf

http://alexander.ee.auth.gr:8083/eTHMMY/archive/173/downloadFile/6622/game-of-life-v1.0.tar.gz
http://alexander.ee.auth.gr:8083/eTHMMY/archive/173/downloadFile/6622/example.pbs

[BADBANE]

Κατάφερε να τρέξει κανένας έστω και ένα απλό hello στο grid?   

[kaspas]

κατάφερες να ανεβάσεις αρχεία στο grid; Εμένα δεν με αφήνει :/

[BADBANE]

Τα ανέβασα μέσω του winscp και προσπαθώ να το τρέξω μέσω του putty
Compile κατάφερα να κάνω στο grid αλλα δεν τρέχει τιποτα 

[lomptzoit]

Από cygwin έτρεξε

[Terzos]

Και γω τα κατάφερα από ubuntu. Έχω όμως την εξής απορία: Το home directory είναι ίδιο με το $SCRATCHDIR. Αυτό είναι λογικό; Δηλαδή φτιάχνουμε κανονικά jobs από το home;

/edit: Κατάφερα να το τρέξω από το UI. Όταν όμως κάνω submit, το job μένει για πάντα στο Queue

[fanaks]

 Σχετικά με το compile και την εκτελεση στο cygwin εγω αυτο που εκανα ηταν να κατεβασω τα αντιστοιχα πακέτα mpi απο το setup του cygwin και στο makefile να αντικαταστήσω το gcc με mpicc μετα να εκτελέσω το makefile για να κάνει compile το προγραμμα και έπειτα ετρεξα το εκτελέσιμο με  την εντολή mpirun π.χ mpirun -np 4 game-of-life.exe 10 0.5 2 1 και μεχρι στιγμής ολα καλά.Στην ουσία κάνεις με mpicc compile και με mpirun τρεχεις το προγραμμα.

[BADBANE]

+1 fanaks έτσι το κανα και γω στο cygwin.

/mnt/uiwork/home/pdlabXXX    και

/mnt/scratchdir/home/pdlabXXX

τα ui και scratch directories.

Νομίζω από το δεύτερο πρέπει να τρέξουμε τις εργασίες αλλα δεν έχω ιδέα πως. Τις ανέβασα και εδω μέσω winscp.

edit: στο $SCRATCHDIR ανεβαζετε κωδικα και φτιαξτε ενα script.sh

#!/bin/bash
#PBS -q auth
#PBS -N mpi-mm
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=8

cd $PBS_O_WORKDIR
export NP=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

export I2G_MPI_TYPE=mpich2
export I2G_MPI_APPLICATION=mm
$I2G_MPI_START

στο auth βαλτε pdlab (σκετο χωρις 000 whatever) και το mm είναι το ονομα του εκτελεσιμου σας

qsub script.sh ανεβαινει και τρέχει και με το qstat τσεκάρεις την κατασταση του.

[Vlassis]

Ανανεωθηκε η εκφωνηση, προσοχη 

[kaspas]

Βρήκε κανείς πως τρέχουμε στο pc μας με mpi έστω το hello-world;

[BADBANE]

Βρήκε κανείς πως τρέχουμε στο pc μας με mpi έστω το hello-world;

3 ποστ πάνω

[Andromedas]

Βρήκε κανείς πως τρέχουμε στο pc μας με mpi έστω το hello-world;

με cygwin https://cygwin.com/ml/cygwin/2014-06/msg00410.html
σε unix-like έχει πολλά αντίστοιχα

[Terzos]

edit: στο $SCRATCHDIR ανεβαζετε κωδικα και φτιαξτε ενα script.sh

#!/bin/bash
#PBS -q auth
#PBS -N mpi-mm
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=8

cd $PBS_O_WORKDIR
export NP=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

export I2G_MPI_TYPE=mpich2
export I2G_MPI_APPLICATION=mm
$I2G_MPI_START

στο auth βαλτε pdlab (σκετο χωρις 000 whatever) και το mm είναι το ονομα του εκτελεσιμου σας

qsub script.sh ανεβαινει και τρέχει και με το qstat τσεκάρεις την κατασταση του.

Thank you, προσπαθούσα χθες πόση ώρα να κάνω submit. 

[Terzos]

...
#PBS -l nodes=4:ppn=8
...
export NP=4
...

Γενικά πως ελέγχουμε πόσα tasks θα δημιουργηθούν ανά πόσα nodes ή processors?
Με λίγο πειραματισμό διαπίστωσα ότι η export NP=4 δεν επηρρεάζει καθόλου την έξοδο του προγράμματός μου το οποίο δημιουργεί nodesxppn tasks άσχετα με το τι θέτω στο NP

hello-MPI.c:

Code:

#include <mpi.h>

int main(int argc, char **argv) {
  int SelfTID, NumTasks, t, data;
  MPI_Status mpistat;
  MPI_Init( &argc, &argv );
  MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &NumTasks );
  MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &SelfTID );
  printf("Hello World from %i of %i\n",SelfTID,NumTasks);
  if( SelfTID == 0 ) {
    for(t=1;t<NumTasks;t++) {
      data = t;
      MPI_Send(&data,1,MPI_INT,t,55,MPI_COMM_WORLD);
    }
  } else {
    MPI_Recv(&data,1,MPI_INT,0,55,MPI_COMM_WORLD,&mpistat);
    printf("TID%i: received data=%i\n",SelfTID,data);
  }
  MPI_Finalize();
  return( 0 );
}

Μία λύση στο πρόβλημά μου θα ήταν να ανιχνέυω από το πρόγραμμα σε ποιο Node δουλεύει το κάθε task και να δουλεύω μόνο σε ένα task/node, δηλαδή να "κοιμίζω" τα υπόλοιπα. Μήπως υπάρχει κάποιος πιο ωραίος τρόπος;

[Terzos]

-Παίζει το παιχνίδι για t γενιές (επαναλήψεις), χρησιμοποιώντας σε κάθε υποτμήμα υλοποίηση σε OpenMP

-Χρησιμοποιεί προχωρημένες εντολές MPI-3, για την επικοινωνία μεταξύ των διεργασιών (shared memory - RMA).

Μετά από λίγο διάβασμα στο ίντερνετ καταλαβαίνω η υλοποίηση με MPI-3 είναι εναλλακτική της υλοποίησης με MPI και OpenMP. Καταλαβαίνω κάτι λάθος; Μήπως πρέπει να κάνουμε και τα 2;