Λοιπον καταφερα να τρεξω ενα αρχειο helloworld.c με ΜPI (αυτο που μας ειχε δωσει ο κ.Πιτσιανης)
τα αρχεια mpi-start-wrapper.sh και mpi-hooks.sh τα πηρα αυτουσια απο την σελιδα
https://goc.grid.auth.gr/wiki/bin/view/Groups/ALL/MpiSubmissionκαι αλλαξα το .jdl αρχειο ωε εξης:
JobType = "Normal";
CpuNumber = 4;
Executable = "mpi-start-wrapper.sh";
Arguments = "helloworld MPICH2";
StdOutput = "std.out";
StdError = "std.err";
InputSandbox = {"mpi-start-wrapper.sh","mpi-hooks.sh","/home/username/hello_mpi/helloworld.c"};
OutputSandbox = {"std.err","std.out"};
Requirements =
Member("MPI-START", other.GlueHostApplicationSoftwareRunTimeEnvironment)
&& Member("MPICH2",
other.GlueHostApplicationSoftwareRunTimeEnvironment)
&& other.GlueCEInfoHostName == "ce01.kallisto.hellasgrid.gr";
# && other.GlueCEInfoHostName == "ce01.isabella.grnet.gr";
δοκιμαζοντας να βαλω MPICH στην θεση του ΜPICH2 δεν εβγαιναν αποτελεσματα αν και η εκτελεση ολοκληρωνονταν χωρις να πεταξει σφαλμα... οποτε προσοχη!!!
Το αποτελεσμα ηταν το αρχειο std.err να ειναι κενο και το αρχειο std.out να περιεχει τα εξης:
************************************************************************
UID = see009
HOST = wn007
DATE = Wed Dec 9 21:46:25 EET 2009
VERSION = 0.0.52
************************************************************************
mpi-start [INFO ]: search for scheduler
mpi-start [INFO ]: activate support for pbs
mpi-start [INFO ]: activate support for mpich2
mpi-start [INFO ]: call backend MPI implementation
mpi-start [INFO ]: start program with mpirun
-<START PRE-RUN HOOK>---------------------------------------------------
Compiling /home/see/see009/gram_scratch_nudUFDe4Yr/https_3a_2f_2fwms04.egee-see.org_3a9000_2fK0j7mHKRepqt69lY5xmNMg/hellowor$
mpicc -o /home/see/see009/gram_scratch_nudUFDe4Yr/https_3a_2f_2fwms04.egee-see.org_3a9000_2fK0j7mHKRepqt69lY5xmNMg/helloworl$
Successfully compiled /home/see/see009/gram_scratch_nudUFDe4Yr/https_3a_2f_2fwms04.egee-see.org_3a9000_2fK0j7mHKRepqt69lY5xm$
-<STOP PRE-RUN HOOK>----------------------------------------------------
=[START]=============================================================
Hello from process 3!
Hello from process 1!
Hello from process 2!
Received >>Hello from process 1!<<
Received >>Hello from process 2!<<
Received >>Hello from process 3!<<
=[FINISHED]==========================================================
-<START POST-RUN HOOK>---------------------------------------------------
Executing post hook.
Finished the post hook.
-<STOP POST-RUN HOOK>----------------------------------------------------
Επισης με την εντολη
glite-wms-job-list-match -a jobhello1.jdl
Connecting to the service
https://wms03.egee-see.org:7443/glite_wms_wmproxy_server=====================================================================
COMPUTING ELEMENT IDs LIST
The following CE(s) matching your job requirements have been found:
*CEId*
- ce-atlas.ipb.ac.rs:2119/jobmanager-pbs-see
- ce01.isabella.grnet.gr:2119/jobmanager-pbs-see
- ce01.grid.uoi.gr:2119/jobmanager-pbs-see
- ce01.ariagni.hellasgrid.gr:2119/jobmanager-pbs-see
- ce01.kallisto.hellasgrid.gr:2119/jobmanager-pbs-see
- ce01.athena.hellasgrid.gr:2119/jobmanager-pbs-see
- ce02.athena.hellasgrid.gr:2119/jobmanager-pbs-see
- ce64.ipb.ac.rs:2119/jobmanager-pbs-see
=====================================================================
Μονο τα συγκεκριμενα clusters εξυπηρετουν την εργασια μας με MPICH2 και γενικα τις απαιτησεις του helloworld.c αν και δοκιμαζοντας σε μερικα απο αυτα οπως ο grid.uoi.gr ή o ariagni.hellasgrid.gr η εργασια παρεμενε για πολυ ωρα status:"scheduled" αν και οταν εγραφα lcg-infosites --vo see ce
δεν εβγαζε καποιες εργασιες να ειναι waiting
Παντα τρεχει στον ce01.isabella.grnet.gr (που εχω ως default για αυτο το λογο) και καταφερα να τρεξω επιτυχως το helloworld.c και στο ce01.kallisto.hellasgrid.gr (υποψην εχω UI στην αθηνα στον Isabella, δεν ξερω βεβαια αν αυτο παιζει κανενα ρολο)
Το προβλημα - ερωτημα μου λοιπον ειναι το εξης... Η εργασια μου αποτελειται απο δυο αρχεια .c (parallel_bitonci.c και mpio_io.c) πως γινεται να βαλουμε παραπανω ορισματα στο InputSandBox? Μονο αυτη την αλλαγη θελει?Μηπως πρεπει να αλλαξω και το Argument στο αρχειο .jdl, τα αλλα αρχεια θα μεινουν ανεπαφα??Ποιες αλλαγες πρεπει να γινουν και που?
Links
Members
Total Members: 9959
Stats
Users Online
nmpampal
Author