Μπορεις παντα να χρησιμοποιησεις και το cluster του πανεπιστημιου.
Εχει πολλους πορους και εχουν βελτιωσει και τις οδηγιες χρησης αν δεν εχεις ξαναχρησιμοποιησει τετοιου ειδους υπηρεσιες ξανα.

https://it.auth.gr/el/hpc
https://it.auth.gr/el/sciComp/computingServices
https://hpc.it.auth.gr/

Αρχικα κανεις το cross-compile στο pc σου και μετα μεταφερεις το εκτελεσιμο αρχειο που δημιουργηθηκε με την εντολη scp στο zsun. Απο εκει και μετα το τρεχεις κανονικα μεσω του ssh.
Αν χρειαστεις βοηθεια νομιζω πως σε προηγουμενες σελιδες του τοπικ εχουν αναφερθει οι παραμετροι που πρεπει να δωθουν μαζι με την εντολη scp για να μεταφερεις σωστα το αρχειο στο zsun

Απ'ότι θυμάμαι πέρσι μας είχε πει ότι πλέον δεν δουλεύει το σύστημα με τις θερμοκρασίες και πλέον προσομοιώνεται μόνο ο πρώτος σταθμός από την εφαρμογή του σερβερ.
Μας ειχε πει απλα να παρουμε την ενδειξη του πρώτου σταθμού για αυτό το ερώτημα.

Παντως και εγω θα ψιλοσυμφωνησω με τον Μαθητη. Σιγουρα ο σδοκ δεν ειναι και ο καλυτερος καθηγητης ομως δεν ειναι και ο χειροτερος του τμηματος και δεν αξιζει ολο αυτο το κραξιμο που του κανετε.

Επισης κατα τη γνωμη μου ο Κορτεσης ηταν αξιοπρεπης καθηγητης. Γιατι θεωρειτε οτι ελεγε ασυναρτησιες; Νομιζω οτι πολλες φορες μπερδευετε το ποσο καλος ειναι ενας καθηγητης με το ποσο σας αρεσει το μαθημα.

Αύριο το μάθημα δε θα γίνει γιατί είχε μεταφερθεί για σήμερα που όμως και αυτό δεν έγινε επειδή δεν ήρθαν αρκετοί φοιτητές στο μάθημα.

Έπίσης την άλλη βδομάδα το μάθημα θα γίνει την Πέμπτη επειδή η Παρασκευή είναι αργία.

Μπορείς είτε να φτιάξεις ένα vpn για να χρησιμοποιήσεις την ip πανεπιστημίου είτε για ποιο ευκολία να μπεις με την υπηρεσία remote desktop που έχει το πανεπιστήμιο.

Εδώ μπορείς να βρείς οδηγίες:
https://it.auth.gr/el/netAccess/VPN
https://it.auth.gr/el/tsconnection
(Αν εχεις ubuntu μπορεις να χρησιμοποιησεις το remmina για remote desktop client)

Γράψε το σαν
./mips-openwrt-linux-gcc file.c
με το ./ μπροστά ενω βρίσκεσαι στο ίδιο directroy.

Η flag -ppn 1 δεν έχει σχέση με την εντολή nodes=1:ppn=8 που δίνεις στο script, είναι απλά ατυχής ονομασία. Θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν και άλλα flags που δεν ονομαζονται έτσι.
Για να φανεί ακόμα πιο καθαρά μπορεις να βάλεις στο script την εντολή
echo $PBS_NODEFILE
όπου θα τυπώσεις όλα τα cores που σου έχουν δωθεί και φαίνεται ότι δεν δίνει μόνο ένα ανα node αλλά και τα 8.

Εγώ χρησιμοποίησα το flag -ppn 1 για να δηλώσω ότι θέλω να τρέξει ένα mpi process ανα nodes. Στο site αναφέρονται και άλλα flags όπως "-perhost <#>" ή "-grr <#>" που φαντάζομαι θα λειτουργούν με τον ίδιο τρόπο αλλά δεν τα έχω δοκιμάσει. Οπότε η εντολή γίνεται έτσι
mpiexec -np $PBS_NUM_NODES -ppn 1 ./game-of-life 80000 40000 0.5 3 0

Το $PBS_NUM_NODES είναι απλά είναι μια μεταβλητή που παίρνει την τιμή που έχεις βάλει στο node, δεν είναι απαραίτητο να τη βάλεις, μπορεις να χρησιμοποιήσεις απλά έναν αριθμό. Δηλαδή αν βάλεις στο script σου nodes=2:ppn=8 τότε το $PBS_NUM_NODES θα είναι ίσο με 2.

Λέω να κάνεις queue 5 διεργασίες για να το δείς πιο καθαρά επειδή υπάρχει μεγάλη πιθανότητα να μην τρέξει κάποιος ταυτόχρονα με εσένα. Όμως και με ένα queue το βλέπεις απλά δεν υπάρχει τόσο μεγάλη πθανότητα.
Σε αυτό που λέει ο Φλώρος όμως δεν έχει άδικο. Αν ζητήσεις nodes=2:ppn=3 τότε θα σου δώσει εσένα και μόνο εσένα 3 cores σε ενα node και άλλα 3 σε άλλο core. Αυτό που λέω έγω είναι ότι αν έχει και αλλα ελευθερα cores θα σου τα δώσει και αυτά μεχρι να τα παρει αλλος.

Ο λόγος που σου κάνει περισσότερο χρόνο είναι γιατι χρησιμοποιώντας την εντολή
mpiexec -np 2 ./game-of-life 80000 40000 0.5 3 0
δεν ορίζεις πουθενά ότι θες τα δυο mpi processes να τρέξουν σε δυο διαφορετικά nodes (δηλαδή σε διαφορετικους υπολογιστες). Αν τρέξεις απλά αυτή την εντολή τότε πιθανότατα και τα δυο mpi processes θα μπούν στο ίδιο node αλλα σε διαφορετικό core και με αυτό τον τρόπο χάνεις πρακτικά ένα ολόκληρο node αφου δεν τρέχεις mpi πάνω του.
Ο λόγος που δουλεύει συνήθως αν βάλεις ppn=1 είναι γιατι δεσμευει ένα core ανα node αναγκάζοντάς το έτσι να βάλει τα δυο mpi processes σε διαφορετικά nodes (αφού δεν μπορεί πλεον να τα βάλει στο ίδιο). Όμως αυτός ο τρόπος έχει το μειονέκτημα ότι δεν σου εξασφαλίζει ότι θα έχεις όλα τα cores δικά σου και άρα δεν σου εγγυάται σταθερούς και γρήγορους χρόνους.

Για να το κάνεις να τρέξει ένα mpi process ανα nodes ανεξαρτήτως του πόσα ppn έχεις βάλει πρέπει να βάλεις μια έξτρα flag στην εντολή mpiexec
Εγώ βρήκα και χρησιμοποίησa κάποιες flag που δουλέψαν σωστά απο αυτό το site: https://software.intel.com/en-us/articles/controlling-process-placement-with-the-intel-mpi-library

Δεν ξέρω τι είχε πει ο Φλώρος όμως έγω δοκίμασα πολλές ασκήσεις και πάντα επαληθεύονταν τα αποτελέσματά μου. Αν θες μπορεις να δοκιμάσεις και εσυ για να το δεις. Δοκίμασε να τρέξεις μια άσκηση με παραλληλισμο όπως την προηγούμενη με τα pthread που είχαμε και τρέξε την για μέγιστο αριθμό σωματιδίων για 16 threads 7 φορές και βάλε 5 τέτοιες στην ουρά για ppn=1 και άλλες 5 για ppn=8. Θα παρατηρήσεις ότι για ppn=1 οι χρόνοι έχουν μεγάλη διακύμανση επειδή κάποιες φορές βρίσκει παραπάνω cores για να κάνει καλό παραλληλισμό και κάποιες όχι. Ένώ με ppn=8 οι χρόνοι είναι πάντα σταθεροί επειδή πάντα έχει 8 cores.

Ναι. Ή διαφορετικά μπορείς να χρησιμοποιήσεις τη μεταβλητή $PBS_NUM_NODES.

nodes=1:ppn=8

Απ' ότι έχω καταλάβει με διάφορα πειράματα, το ppn σου εξασφαλίζει τον ελάχιστο αριθμό πυρήνων που θα σου δώσει το cluster. Αρά αν το βάλεις ppn=1 πιθανότατα θα τρέξει κανονικά αφού και τα άλλα cores πιθανότατα θα είναι ελευθερα όμως υπάρχει περίπτωση να μοιραστείς το ίδιο node με κάποιον άλλον και να σου πάρει τα cores και έτσι να αυξηθει ο χρόνος σου. Δηλαδή αν το node έχει ελεύθερα cores, ακόμα και αν δεν του τα έχεις ζητήσει, θα στα δώσει, αλλά υπάρχει πάντα η περιπτωση να τρέξει και άλλος μαζι στο ίδιο node και να στα πάρει αν βάλεις ppn=1.

Μπορείς να πας στη Βεργίνα όπου οι υπολογιστές έχουν matlab. Απλά ανοίγεις ένα terminal και γραφεις matlab και θα στο ανοίξει.
Ποίο είναι όμως το πρόβλημα στο να μεταφέρεις τα αποτελέσματα στα windows και να τρέξεις εκεί το matlab; (Φυσικά για να τρέξεις το script που έχει για το matlab στα windows πρέπει να αλλάξεις την εντολή grep σε findstr και να βάλεις τις κατάλληλες παραμέτρους)

sftp://diades.ee.auth.gr

Αυτό το πρόβλημα στο βγάζει επειδή οι καινούργειες διαστάσεις του πίνακα δεν είναι συμβατές με τις παλιές (πχ προσπαθεις να κάνεις ενα πίνακα 1x4 σε 3x2).
Αυτό πιθανότατα στο βγάζει επειδή αυτή η συνάρτηση read_data έχει φτιαχτεί για να δέχεται μονο διαφορετικό αριθμό tree heights, population threshold, number of points και αριθμού repetitions. Ενώ εσύ το έχεις τρέξει και για διαφορετικό αριθμό threads.
Αυτό που έχεις να κάνεις είναι απλά να βάλεις να δέχεται άλλη μια παράμετρο όπου θα εισάγεις τον αριθμό των διαφορετικών threads που έχεις τεστάρει και θα το βάλεις στις reshape κατάλληλα.