THMMY.gr

Topic που αφορά την 2η εργασία του μαθήματοhttp://alexander.ee.auth.gr:8083/eTHMMY/archive%5C173%5CdownloadFile%5C6261%5Cgrid-knn-mpi.pdf (http://alexander.ee.auth.gr:8083/eTHMMY/archive%5C173%5CdownloadFile%5C6261%5Cgrid-knn-mpi.pdf)

καμια ιδεα για το πως ανεβαζουμε αρχειο στο hellasgrid?κατι για sftp λεει αλλα δεν ξερω μπλεχτηκα :-\

Δες το αρχείο στα downloads...

ναι απο εκει κοιταω και απο οτι εχω καταλαβει,ενω εχω συνδεθει στο hellasgrid για να ανεβασω αρχειο μεσω της εντολης sftp [user@]host[:dir[/]] ,οπου user kai host ta local στοιχεια του teriminal και στο dir το path που ειναι το αρχειο που θελω να ανεβασω αλλα δεν...
μηπως λεω μπουρδες?

Μπορείς να δοκιμάσεις το WinSCP. Είναι αρκετά εύχρηστο.

"Δουλεύει σωστά για: N = 2 [21:25] , n × m × k = 2 [12:16] , P = 2 [0:7] . "

To N δεν το ορίζει παραπάνω.
Παριστάνει το πλήθος των σημείων και των δύο συνόλων Q,C, δηλαδή Ν/2 το Q, N/2 το C?

Καμια ιδεα για το πως θα δημιουργησουμε τα συνολα που ζηταει;

περιεργη φαση που θελει να γραψουμε και τον σειριακο κωδικα...

Το κανε και πρόπερσι στην 1η εργασία από ότι μου έχουν πει.

Και πέρυσι στην 3η/4η.

παιδια compile σε mpi που κανουμε??
και πως το περναμε σε cygwin ξερει κανεις????

καμια ιδεα για το πως θα δημιουργησουμε το πλεγμα εχει κανεις;;;; :-\

απ οτι ειπε στο μαθημα, παριστανει το πληθος των q,  δηλαδη το μεγεθος του Q

Ευχαριστώ φίλε. !
Κ κάτι ακόμα: γιατί το πλέγμα μπορεί και να μην είναι κυβος  (k*m*n (k=m=n)) ? Αφού θα καλύπτει κάθε φορά όλο τον κύβο και το μόνο που θα αλλάζει θα ειναι το μέγεθος των κόμβων του (κουτιων), άρα αν δεν είναι κύβος δεν θα "προεξέχει" απτον μοναδιαιο πχ?

Πολυ πιθανον να προεξεχει. Ειπε στο μαθημα οτι οι διαστασες του πλεγματος να παιρνονται ετσι ωστε παντα να προσεγγιζει οσο γινεται τον κυβο. Ας πουμε αν εχει 32 κομβους, τοτε να ειναι 4x4x2 και οχι 2x8x2 . Επομενως θα προεξεχει σχεδον παντα, αλλα αυτο δεν σε ενοχλει.

Καμια ιδεα για το πως θα φτιαξουμε το πλεγμα εχεις; Γιατι εχω σκαλωσει  :-\

Ωραιος.
Ρε φιλε έτσι όπως το σκέφτομαι λογικά κάθε κουτί του πλέγματος θα έχει ένα όριο xmax-xmin,ymax-ymin και zmax-zmin.

Οπότε τόσα κουτιά με τόσα όρια ??

Ναι, ισως αυτη να ειναι μια καλη προσεγγιση.  Τελοσπαντων, προσπαθουμε και βλέπουμε. Εχουμε ακομα μια τεταρτη για αποριες. :P

θα γραψω οτι εχω κανει μεχρι στιγμης γιατι πονοκεφαλιασα αρκετα για να τα καταλαβω:

• Δημιουργουμε συνολικα N_Q και N_C σημεια, που ειναι χωρισμενα σε P διεργασιες. Αρα καθε διεργασια εχει Ν/P στοιχεια
• Προσωπικα θεωρησα οτι N_Q = N_C, αλλα δεν εχει μεγαλη σημασια
• nXmXk=2^12 εως 2^16. Αυτο σημαινει οτι το καθε πλεγμα εχει 2^12 εως 2^16 τομεις/κουτακια. Αυτο σημαινει οτι πρεπει να βρουμε ποσες τομες να κανουμε σε καθε πλευρα/διασταση (οι τομες ειναι τα n, m, k) ωστε να εχουμε τοσα κουτια στο συνολο. Αυτο βγαινει διαιρωντας το (πχ) 12 δια 3, και μετα προσθετοντας το οποιο υπολοιπο σε μια ή δυο πλευρες. αρα τα κουτια δεν θα ειναι απαραιτητα κυβοι, αλλα ορθογωνια παραλληλεπιπεδα. αυτο δεν πειραζει καθολου.
• θα βολεψει πολυ για την συνεχεια να γινει καποια συμβαση με τα κουτια, να οριστει δηλαδη ενας τροπος διευθυνσιοδοτησης τους. προσωπικα προτιμησα να εχω δυο διαφορετικους τροπους αναγνωρισης του κουτιου, ειτε με τις συντεταγμενες του στο πλεγμα (πχ το 3ο κουτι κατα μηκος, 2ο κατα πλατος, 4ο κατα υψος) ειτε με ενα id απο 0 εως max_koutia. συντεταγμενες και id θα πρεπει να συνδεονται, ωστε να μπορει καποιος να πηδαει απο το ενα στο αλλο.
• μετα θα πρεπει να γινει αναζητηση σε ολα τα σημεια που εχει η διεργασια, ενα ενα, να βρεθει σε ποιο κουτι ειναι με βαση τις συντεταγμενες. προσωπικα αυτο το εκανα ως εξης. εστω το σημειο εχει χ=0,6. Αν εχουμε 4 κουτια κατα μηκος, τοτε κανοντας 0.6*4=2.4. κανοντας typecast σε int, αυτος ο αριθμος στρογγυλοποιειται προς τα κατω, οποτε εν προκειμενω γινεται 2. οποτε ξερεις οτι κατα μηκος, στον αξονα χ, εισαι στο 2ο κουτι (ξεκινωντας την αριθμηση απο το 0).
• θα πρεπει να μετρηθουν ποσα σημεια q Και ποσα c υπαρχουν σε καθε κουτι, να γινουν τα απαραιτητα malloc, και να μεταφερθουν τα σημεια (οι συντεταγμενες τους) στο αντιστοιχο πινακα ή τμημα πινακα για καθε κουτι. ετσι θα ειναι ολα τα σημεια καθε κουτιου μαζεμενα και δεν θα πρεπει να γινεται αναζητηση καθε φορα.
• για την αναζητηση, θα πρεπει να γινει για καθε σημειο q ενος κουτιου, συγκριση με ολα τα σημεια c του ιδιου κουτιου και των εφαπτομενων κουτιων. η αποσταση θα μπορει να ειναι ειτε ευκλειδεια ειτε manhattan μαλλον? δεν ξερω. μια απο τα ιδια, θεωρητικα τουλαχιστον.
• τα γειτονικα κουτια λεει στην εκφωνηση οτι ειναι αυτα που εφαπτονται. και εγω αναρωτιεμαι αν εννοει τα 6 κουτια που εφαπτονται στις οψεις του κουτιου, τα 16 που εφαπτονται στις ακμες ή τα 26 που εφαπτονται στις κορυφες? (σκεφτειτε κυβο rubik για να οπτικοποιησετε αυτο το προβλημα). εγω το εκανα με τα 6 των πλευρων, για ευκολια.

(ακομα δεν εχω πιασει το παραλληλο κομματι καθολου)

Ξερει κανεις πως λεμε στο προγραμμα ποσα processes να ξεκινησει; γιατι απ οτι καταλαβα το MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nproc), επιστρεφει ποσες διεργασιες ξεκινησε απο μονο του.

φιλε πραγματικα σε ευχαριστώ! μου έλυσες πολλές απορίες που δημιουργήθηκαν απο την δυσνόητη εκφώνηση της εργασίας!!

mpirun -np x a.out

αν a.out το εκτελέσιμο αρχείο
το χ είναι ο αριθμός των processes που θα ξεκινήσει

και τα υπολοιπα arguments που θελει να βαζουμε, οπως π.χ. N = 2^[21:25], n x m x k = 2[^12:16] πως τα βαζουμε μεσω command line?

mpirun -np x a.out arg1 arg2 arg3 ...

όπως ακριβώς θα χρησιμοποιούσες τα argv δηλαδή... μετά το όνομα του εκτελέσιμου αρχείου

κομπλε ρε. Θα ρθεις παρτυ σημερα;

Γιατί κάθε πλέγμα; Ένα δεν είναι το πλέγμα που θα πρέπει να κάνουμε;

ναι, ενα ειναι. εκτος αν θεωρησεις οτι ξερω γω ειναι διαφορετικος χωρος για το c και το q, οποτε ειναι 2. λαθος επιλογη εκφρασης

παιδια MPI στα ελληνικά για πιο εύκολα
http://pdplab.it.uom.gr/teaching/llnl-gr/Message%20Passing%20Interface%20%28MPI%29.htm#Group_Management_Routines (http://pdplab.it.uom.gr/teaching/llnl-gr/Message%20Passing%20Interface%20%28MPI%29.htm#Group_Management_Routines)

Εγω αυτο που καταλαβα ειναι οτι το πλεγμα θα ειναι οντως κυβος, απλα τα κουτακια του θα ειναι παραλληλογραμμα. Δηλαδη, παιρνουμε το πλεγμα μας, n x m x k  , π.χ.εστω 16 x 16 x 32, και το συμπιέζουμε για να χωρέσει μέσα στον μοναδιαίο κύβο. Το "συμπιεσμένο" πλέγμα λοιπον, θα εχει σχήμα κύβου, αλλά τα επιμέρους κουτάκια/τομείς του, θα είναι παραλληλόγραμμα. (δηλαδή το κάθε κουτάκι θα έχει διαστάσεις x=1/16, y=1/16,z=1/32). Δεν ξέρω αν ειναι σωστό το σκεπτικό, αλλά ήταν το μόνο που μπορούσα να φανταστώ/ οπτικοποιήσω

Νομίζω πως και μέσα στην τάξη κάτι τέτοιο είχε πει ...

Έφερε το παράδειγμα στον 2D κόσμο όπου έχουμε ξέρω γω ενα φύλλο χαρτί 1x1 και το γεμίζουμε με σημεία... μετά ένα πλέγμα nXm θα ήταν στην ουσια αυτό το φύλλο χωρίζοντας τον 1 άξονα σε n χώρους και τον άλλον άξονα σε m χώρους... Οπότε και σε αυτό το παράδειγμα θα είχες ένα φύλλο χαρτί (Τετράγωνο στο επίπεδο) του οποίου ο χώρος θα ήταν μοιρασμένος σε παραλληλόγραμμα. Ε στον χώρο απλά έχεις άλλη μια διεύθυνση ...

Όχι ?

+1, συμφώνω και εγώ,έτσι πιστεύω θέλει.

Aν κρίνω από αυτό που θα ήταν πιο "δίκαιο" αναφορικά με τις αποστάσεις σε ένα κύβο εγώ μάλλον θα επέλεγα τα 26


Επιπλεόν , έχει κανείς τρόπο να τρέχουμε ταυτόχρονα πιο πολλές εκτελέσεις ?
Εννοώ ότι συνολικά έχουμε 200(5χ5χ8) "πειράματα".Είναι κάπως χρονοβόρο...

Σιγουρα τις 26.

Μπορεις να κανεις ενα .sh που να τα τρεξει ολα. Δεν ειμαι τωρα στο πισι μου, αν μπορεσει κανεις να γραψει κατι, αλλιως θα γραψω εγω σε κανα δυο μερες.

Μετά από μέιλ στον κ. Πιτσιάνη:

1. Όταν μας λέτε n x m x k διαστάσεις θα έχουμε πχ 2^4 * 2^4 * 2^4 = 2^12. Τα κουτάκια που θα φτιάξουμε
θα είναι έχουν διαστάσεις 1/n , 1/m , 1/k?

Ναι

Ή θα πρέπει να ψάξουμε να βρούμε μία σχέση που απλά
να μας δίνει σε πόσα κουτάκια θα είχαμε τον πιο αποδοτικό παραλληλισμό και να το χωρίσουμε κατάλληλα;

Όχι, αυτό θα το κάνει η αναφορά σας έμμεσα με το να δοκιμάσει τις περιπτώσεις που σας ζητάμε.


2. Όταν μας λέτε για τα κουτάκια που εφάπτονται το ένα με το άλλο, εννοείτε ότι εφάπτονται στις έδρες,
στις ακμές ή στις κορυφές;

Ακόμα και σε 1 σημείο.

3. Τα ΝQ και NP είναι ίσα;


Όχι.

Αν όχι, θα πρέπει να διακρίνουμε περιπτώσεις και να τις γράψουμε στην αναφορά;

Όχι, μόνο στον κώδικα.

4. Είναι πάντα σίγουρο πως θα είναι κύβος; Για παράδειγμα για διαστάσεις 2^13 δέ μπορεί να είναι ακριβώς
κύβος.

Τα δεδομένα είναι κύβος. Το πλέγμα κουτιών δεν είναι απαραίτητο να σχηματίζει κύβο. Γι’ αυτό και ορίσαμε n <= m <= k.

Συνάδελφοι,αν μπορείτε βοηθήστε λίγο στις παρακάτω ερωτήσεις...

1)Εκφώνηση:Το πρόγραμμά σας θα πρέπει να:
• Δημιουργεί τα δύο σύνολα σημείων, Q και C, που ακολουθούν ομοιόμορφη κατανομή στον [0; 1). Τα
σημεία των δύο σύνολων είναι κατανεμημένα σε P διεργασίες.

Εστω λοιπόν Νc/P σημεία/διεργασία. Αυτό που θα το εκμεταλλευτούμε;
Θα παραλληλοποιήσουμε την δημιουργία?
Μάλλον όχι

Update:
Aν κατάλαβα καλά θα ψάξουμε το κοντινότερο για κάθε σημείο.
Αρά κάθε διεργασία θα αναλάβει την αναζήτηση του κοντινότερου σημείου των "υπό την ευθύνη" της  Nc/P σημείων.
Η αναζήτηση αυτή θα γίνει στο αντίστοιχο S του κάθε σημείου.

Είναι σωστή η λογική μου ή κάτι μου διαφεύγει;
Tις γνώμες σας παρακαλώ...

μια προς μια γαμηθηκαν ολες οι παραδοχες μου. καλη φαση
back to the design board

Στο μάθημα έλεγε συνεχώς ότι στο knn που έχουμε, πρέπει να ψάξουμε τα k κοντινότερα σημεία.
Αν δεις και το pdf της άσκησης λέγεται grid-knn-mpi.pdf .

Συμφωνώ φίλε ,αλλά με τι έυρος του k?

Δεν ξέρω.
Εγώ το έβαλα οποιοδήποτε, αρκεί να με βολεύει τα σημεία που επιστρέφω να εμπεριέχονται μέσα σε ένα κουτί και τους γειτονές του.
Στην πραγματικότητα μπορεί να είναι μέχρι sqrt(n), όπου n: πλήθος σημείων σε όλο το grid.
 

Τι να πω φίλε,δεν καταλαβαίνω τι θέλει...ξέρω ότι ο knn θέλει τους k κοντινότερους αλλά διαβάζοντας την εκφώνηση υποπτεύομαι πως θέλει μόνο έναν.
Συνάδελφοι τις γνωμες σας παρακαλώ..

Ρώτησα με μέιλ και :      k = 1

thumbs up!

Καθε διεργασια θα ψαχνει το κοντινοτερο για καθε ενα απο τα Nq/P υπο την ευθυνη της ερωτηματα.
Πραγματι τα περισσοτερα απο αυτα τα Nq/P ερωτηματα θα απαντιουνται με σημεια που βρισκονται μεσα στα Nc/P υπο την ευθυνη της σημεια, ΟΜΩΣ

καθε διεργασια αναλαμβανει ενα μικρο παραλληλεπιπεδο (ας το πουμε Α) μεσα στον κυβο. Αυτο το μικρο παραλληλεπιδο με την σειρα του χωριζεται σε μικροτερα παραλληλεπιπεδα (ας τα πουμε Β, αυτα τα nxmxk, κι ολο δια P). Οσα απο τα Β βρισκονται στην εξωτερικη επιφανεια του Α, αυτην που θα εβλεπε ενας ανθρωπος δηλαδη αν επιανε στα χερια του το Α, μπορει να εχουν απαντηση εκτος του Α. Οχι πολυ μακρια βεβαια, αλλα εκτος. Επομενως πρεπει να ζητησεις και λιγα Β απο καποια αλλη διεργασια, για να ελεγξεις και εκεινα τα σημεια.

Ελπιζω να βοηθησα.

άρα αφού λέει k=1, θέλει ΤΟΝ ΚΟΝΤΙΝΟΤΕΡΟ; αφου στο μαθημα ελεγε θα κανετε εναν νεο πινακα που να λεει ποιοι ειναι οι κοντινοτεροι(δηλαδη αυτοι που ανηκουν στο S, ΠΟΙΟΙ είναι αυτοί, και σε τι αποσταση βρίσκονται).
Για ποιο πουστη λογο πρεπει να βγαζει μια ΤΟΣΟ ασαφη εκφωνηση, και μια βδομαδα πριν παραδωσουμε να πεταει τις διευκρινησεις μια μια, λες και επρεπε να μυρισουμε τα δαχτυλα μας για να καταλαβουμε τι ακριβως εννοει;;; :( . καθεσαι γραφεις κωδικα τοσες μερες, και με μια διευκρινηση που υπεθεσε οτι επρεπε να υποθεσεις σωστα εσυ, σου ακυρωνει τη μιση δουλεια σου...  >:( >:(

Αν τσεκαρεις τις δημοσιευσεις του Πιτσιανη θα δεις οτι ασχολειται γενικα με το kNN. Για αυτο μπερδευτηκε στις διευκρινισεις, πραγμα που θεωρω πραγματι ασχημο.
Τωρα τα περι ασαφους εκφωνησης θεωρω πως ειναι υπερβολικα.
Η μονη ασαφεια ηταν το Nc Nq που διορθωθηκε. Ας μην τα ριχνουμε ολα στους "κακους" καθηγητες, νομιζω δε βοηθαει κανεναν. Ποσο μαλλον σε τετοιες περιπτωσεις που το μαθημα εχει ενα επιπεδο που δε το εχουν τα υπολοιπα.

Φιλικα,
Κηπουριδης

Δεν είπα ποτέ ότι ο Πιτσιάνης είναι κακός καθηγητής, ίσα ίσα, τον πάω με τα χίλια. Απλά θα μπορούσε να είναι πιο κατατοπιστικός στις εκφωνήσεις του.

ο k nearest neigbors ειναι γνωστος αλγοριθμος γενικα, και κανει αυτο που λεει ο τιτλος του. για ολα τα σημεια που του δινεις, βρισκει τα k πιο κοντινα τους.

εν προκειμενω, η εκφωνηση περιγραφει μια απλοποιημενη μορφη του αλγοριθμου, οπου κ=1, δηλαδη για καθε σημειο υπαρχει μια απαντηση και οχι k.

μια απο τα ιδια γενικα, απλα με 1 αντι για k ειναι ελαφρως πιο ευκολο να υλοποιηθει.

ναι αλλα οι πιθανοτητες να ψαξει μεσα στο ιδιο του το τετραγωνακι και να βρει εναν σημειο που ανηκει στο C, ειναι πολυ μεγαλη. Δηλαδή για k=1, ψαχνει στο τετραγωνακι του(που ειναι τεραστια η πιθανοτητα να βρει κατι), και μονο αν δεν βρει, τσεκαρει και γειτονικα(αρα μονο τοτε υπαρχει και η πιθανοτητα να "ζητησει" σημειο απο αλλη διεργασια). Σωστα;

Εισαι σε πολυ καλο δρομο :). Απλα να κανω μια διορθωση, υπαρχει περιπτωση να βρει κατι στο παραλληλεπιπεδο του και παλι να πρεπει να πρεπει να δει διπλανους. Σκεψου να ειναι πολυ κοντα στην μια γωνια Α, αυτο που βρισκει να ειναι πολυ κοντα σε καποια αλλη γωνια Β, κι ενα αλλα παραλληλεπιπεδο με κοινη την γωνια Α να εχει σημεια εκει κοντα.
Σιγουρα ομως αν δεις ολα τα γειτονικα (26 ειναι αφου ειναι 3 οι διαστασεις, 3^3-1 που ειναι αυτο που ειμαστε) τοτε εισαι κομπλε. Τα ειπα λιγο τσομπανικα, οποτε πες μου αν δεν καταλαβες.

Λογω της βεβαιοτητας αυτης οτι αρκει να δουμε τα 26 γειτονικα, το k=1 ειναι φοβερα μεγαλη απλοποιηση βεβαια, αφου ακομα και το k=2 θα μας αναγκαζε να δουμε πολυυυ περισσοτερα κουτια.

προσωπικα το εκανα να ψαχνει μεσα στο κουτακι του.Βρισκει οσα υπαρχουν, τα ταξινομει και επιλεγει το πλησιεστερο σε αυτο. Αν δεν βρει, να τσεκαρει και τα 26 γειτονικα του. Και να ξανακανει ταξινομηση οσα βρηκε στα 26 αυτα, και παλι να επιλεγει το πλησιεστερο. Αυτο εννοουσες και συ;

αν ενα σημειο ειναι κοντα στην ακρη ενος κουτιου, πιθανα να ειναι πιο κοντα σε καποιο σημειο εκτος κουτιου παρα σε καποιο εντος κουτιου.
(στην δικη μου υλοποιηση με τα 6 κουτια αντι για 26, εβρισκε αξιοσημειωτα συχνα σημειο εκτος κουτιου ως το πιο κοντινο)

παντως σιγουρα αξιζει να γινουν πραξεις και υπολογισμοι, που να λαμβανουν υποψιν το που ειναι το σημειο που ελεγχουμε μεσα στο κουτι και ποσο κοντα ειναι το πιο κοντινο σημειο μεσα στο συγκεκριμενο κουτι. ετσι θα αποφευχθουν πολλες περιττες επικοινωνιες, καθως θα ξερουμε πχ, αν εχουμε βρει ενα σημειο που απεχει 0.1, και το γειτονικο κουτι ειναι 0.2 μακρια, ε τοτε να μην ψαξουμε καθολου.

επισης, μια εναλλακτικη λυση, που ξεφευγει βεβαια απο τον δρομο της εκφωνησης, θα ηταν καθε διεργασια να κραταει τα σημεια c που ειναι στα κουτια της, αλλα και στα κουτια που εφαπτονται στα κουτια της. δηλαδη να κραταει και μια "εξωτερικη στρωση" με κουτια c. ετσι, στο επιπεδο της αναζητησης, δεν θα χρειαζεται να γινει καμμια επικοινωνια. αλλα απο την αλλη θα εχουμε την πληροφορια σε πολλα αντιγραφα.

κλασσικο παραδειγμα tradeoff μνημης για ταχυτητα.

Πρεπει να ελεγξει και τα 26 και τον εαυτο του, ανεξαρτητα απ το αν εχει βρει κατι η οχι στο δικο του κουτι.
Δες αυτο, παροτι δυο διαστασεων εξηγει αυτο που εννοω : http://api.muchosmedia.com/brainwave/uploads/client_12/snap_84a86d12ee594fd660f3b34d280b97da.png
Χρειαζεται να δουμε και τα γειτονικα, επειδη τελικα η απαντηση βρισκεται στο κουτι 1, παροτι βρηκαμε σημεια μεσα στο 5.

(
και μια προσθηκη που κανει λιγο πιο περιπλοκα τα πραγματα και δε θα την προτεινα, παρολο που θα δωσει μεγαλη επιταχυνση στο προγραμμα :
Καθε φορα δημιουργουμε εναν κυκλο με το κοντινοτερο σημειο που εχουμε βρει μεχρι εκεινη τη στιγμη. Δεν ξεκιναμε να κοιταμε ενα καινουριο κουτι αν δε βρισκεται μεσα στον κυκλο. Στο παραπανω screenshot χρειαζεται να δουμε το 1, προφανως, αλλα και το 2 και το 4, παρολο που εν τελει δεν εχουν λυση, θα μπορουσαν να εχουν. Δε χρειαζεται ομως να δουμε καθολου τα 3,6,7,8,9.
Τωρα τον κυκλο τον λεω για κατανοηση. Αρκει να κοιταξεις ποσο μακρια εισαι απο αυτο το κουτι (στις 3 διαστασεις ειναι καπως περιπλοκο, γιατι μπορει να μοιραζεσαι τετραγωνο, ακμη, ή απλα σημειο) και να συγκρινεις με την current Minimum Distance
)

Την δημιουργία των σημείων q και c και των πινάκων που θα τα αποθηκεύσουμε πρέπει να τα κάνουμε μέσα στο παράλληλο κομμάτι?? Ή μπορούμε να τα κάνουμε σειριακά και μετά ξεκινάμε παράλληλα στις αναζητήσεις για το κοντινότερο σημείο του κάθε q???

Στο παραλληλο κομματι απ ο,τι ειπε στο μαθημα. Αλλιως θα επρεπε να τα κανεις στο σειριακο και να επικοινωνησεις με τα αλλα processes, ενημερωνοντας τα για τα σημεια τους. Αλλα αποφευγουμε ειπαμε οσο μπορουμε τις επικοινωνιες γιατι κοστιζουν πολυ :).

εγω το εβαλα στο παραλληλο.
μια διεργασια δημιουργει Ν/Ρ στοιχεια σε ολο τον χωρο, τα ταξινομει στα κουτια, κραταει οσα ειναι σε δικα της κουτια, πασαρει οσα ειναι σε κουτια των γειτονων στον αντιστοιχο γειτονα, και παιρνει απο γειτονες οσα ειναι δικα της.

ωραια thanks..!!

Μπορεις να παραλειψεις πληρως το κομματι των επικοινωνιων που αναφερεις, αρκει η καθε διεργασια να δημιουργησει μονο δικα της σημεια.
Σκεψου οτι για να δημιουργησεις εναν αριθμο αναμεσα σε Χ και Ψ που ειναι τα ορια σου, αρκει να κανεις Χ + Random_Between_0_and_(Ψ-Χ).

Ααα έτσι λες να το κάνουμε....
νομίζω στο μάθημα ότι είχε πει να δημιουργεί κάθε διεργασία σημεία παντού, ώστε κάθε σύνολο κουτιών (που ανήκουν στην ίδια διεργασία) να μην έχει συγκεκριμένο αριθμό σημείων αλλά τυχαίο.
έτσι όπως είπες θα έχει κάθε διεργασία ίδιο πλήθος σημείων Νq/P , Nc/P

Ευχαριστω αρχοντα, δεν ειχα ακουσει οτι το ζητουσε ετσι.

Γενικώς απο τη στιγμή που θα γράψουμε κώδικα και θα τον τρέξουμε με Mpirun -np x μπλα μπλα μπλα ...
Ο κώδικας του αρχείου μας θα εκτελεστεί απο όλα τα processes ακόμα και το κομμάτι που είναι πριν το MPI_Init()...
Οπότε απλά όταν γράφεις κώδικα θα έχεις στο νου σου οτι αυτή την σελίδα θα την διαβάζει κάθε process
Γιαυτό και δημιουργείς Νc/P σημεία, έτσι ώστε όταν τα δημιουργήσουν ολα τα processes να αθροίζουν σε Nc

(Έτσι δεν είναι ? )

Σωστά τα λες, ναι.

Κάτι ακόμα...
Εφόσων δε ξέρουμε απο πριν πόσα σημεία θα έχει στο τέλος κάθε κουτί ...
Έχω σκεφτέι να έχω 2 πίνακες για κάθε σύνολο.. π.χ. για το σύνολο Q να έχω εναν *Q και έναν "προσωρινό" *Q_temp
Όπου ο Q_temp θα κρατάει τα πρώτα σημεία που δημιουργεί το process (που γνωρίζουμε οτι θα είναι ακριβώς Ν)
και στη συνέχεια σκέφτομαι να βλέπω πόσα σημεία θα μου έρθουν, και να κάνω malloc τον Q και να αποθηκεύω εκεί τα σημεία που "ανήκουν" σε αυτό το process/κουτί ...
Μετά μπορώ να ελευθερώσω τον Q_temp..

Υπάρχει άλλος τρόπος ώστε να μη δεσμεύω 2 φορές μνήμη ?

Παιδιά με mpiexec η mpirun  το τρέχετε , και γιατί ;

Με το ίδιο σκεπτικό και τις διαστάσεις n x m x k, θα τις ορίσουμε (n x m x k)/P κάθε φορά, ανάλογα με το ID της διεργασίας;;

Όχι, δεν νομίζω. Το πλέγμα το εφαρμόζεις σε κάθε διεργασία για όλο το χώρο (δηλαδή όλο την μοναδιαιο κύβο). Όχι μόνο για το χώρο που ελέγχει η κάθε διεργασία

και γω έτσι το έχω κάνει μέχρι στιγμής. Σκέφτηκα να κάνω Realloc για να βάζω +1 θέση κάθε φορά που έρχεται σημείο αλλά νομίζω είναι τζάμπα κόπος.
Από ότι έχω καταλάβει στην φιλοσοφία του MPI έχουμε άπειρη (σχεδόν) μνήμη γιατί κάθε διεργασία κρατάει μόνο ένα κομμάτι δεδομένων. Άρα δεν χρειάζεται να τσιγκουνευτούμε μνήμη. (άσε που για την εργασία θεωρούνται μικρά τα μεγέθη)

Kαλησπέρα παιδία,
είχε κανείς σας μέχρι τώρα πρόβλημα με segmentation fault
στο pc του ή στο grid?
Θέλω να δημιουργήσω πίνακα διαστάσεων 2^22 και δεν μου επιτρέπει..
Βοήθεια....

Δεν ξέρω που οφείλεται το λάθος, αλλά segmentation fault βγάζει συνήθως όταν έχεις κάνει λάθος με pointers. Τσέκαρε τους προσεκτικά όλους

Πίστεψε με είχα ξεσκίσει του πόιντερς στον έλεγχο έναν έναν!
Είχα ξεσκίσει όλα τα manuals των segmentation faults(signal 11)!
Mε πήγε πολύ πίσω!
Εν τέλει το βρήκα και όντως σε ένα malloc είχα το unknown size της εισόδου και όχι το δικό μου Max_points!
Εψαξα τόσες ώρες να το βρω αυτό το γαμ****ο σφάλμα που ντρέπομαι να το πιστέψω!
Ευχαριστώ!  8))

Σαν πολύ δεν χαλαρώσαμε με την παράταση ???

Άντε να γίνεται συζήτηση σιγά-σιγά      :D :D :D

Δεν μπορείς να φανταστείς για πόσο λίγο με πρόλαβες,
ήθελα να κάνω παρόμοιο σχόλιο... :D :D :D
Ετσι είναι..χαλαρώσαμε,ωστόσο ακριβή ημερομηνία δεν είδα να ανακοινώνει για την παράταση...

Τον ρώτησα μετά το τέλος του μαθήματος προχθές, και είπε Hard deadline 7 Ιανουαρίου, αλλά καλό θα ήταν όσο πιο νωρίς γίνεται πριν από αυτή την ημερομηνία, να την παραδώσουμε. Υποθέτω για να προλάβει να διορθώσει

Να υποθέσω τότε πως σε κάθε περίπτωση θα μας δώσει "soft" μέχρι πρωτοχρονιά πολύ άνετα! Πάλι καλά!  :)

Μάγκες τη βοήθειά σας.

αφού το κάνω comple χωρις προβλημα, οταν παω να το τρεξω μεσω mpirun , μου βγάζει  
HYDU_create_process (utils/launch/launch.c:75): execvp error on file myexe.out (No such file or directory)

Ξέρει κανείς τι παίζει; είμαι κανονικά στον φάκελο που πρέπει

EDIT: Το βρηκα, αλλα το αφηνω μηπως εχει κανεις το ιδιο θεμα. Οταν το τρεχουμε, αντι για
§mpirun -np x myexe argv1 argv2 argv3

γραφουμε
§mpirun -np x ./myexe argv1 argv2 argv3

(όπου x ο αριθμος των επεξεργαστων που θελουμε και argv1 argv2 argv3 τα ορισματα μας)

καινουριο προβλημα :P

Αφου το τρεχω, μου βγαζει το εξης:

http://s15.postimg.org/egl6hog4r/Screen_Shot_2015_12_19_at_7_52_56_PM.png

Καμια ιδεα; Δεν βρισκω πουθενα documentation για exit code 8

Ξερει κανεις πως τρεχουμε mpi στο hellasgrid?

αυτό μάλλον θα βοηθήσει.
http://alexander.ee.auth.gr:8083/eTHMMY/archive/173/downloadFile/6251/SCO-IT-AUTH-2015.pdf
είναι η παρουσιάση που είχαν κάνει σε ένα μάθημα 2 κοπέλες από το Κέντρο Ηλ. Διακ.

Καλύτερα δοκίμασε να το τρέξεις και στο grid γιατί παίζει να είναι θέμα λειτουργικού.
Προσπαθείς να κάνεις send και receive με τύπο δεδομένων δομή?

Μπορεις να μου πεις τι ακριβως κανεις εσυ για να το τρεξεις; Στο pc απλα κανεις mpicc το αρχειακι σου και μετα mpirun.
Ειμαι στο home μου στο grid , κανω το αρχειακι μου το κανω compile με mpicc και μετα απο εκει δεν εχω ιδεα του τι πρεπει να κανω!

Δομη; όχι. Με MPI_Alltoallv στέλνω και λαμβάνω δεδομένα, δηλαδή τα buffers μου είναι πίνακες float

δυστυχώς ακόμα δεν το έχω τρέξει στο grid γιατί ειμαι ακόμα στο debugging.
Απλα θυμώμουν οτι υπήρχε αυτό το αρχείο που σου έστειλα, όπως και κάτι βοηθητικά link μας είχαν στείλει στα mail.
Αλλά ακόμα δεν τα έχω δοκιμάσει..

Επειδή floating point exception είναι το error που σου έβγαλε κάτι παίζει με λάθος σε πράξη. Τσέκαρε μήπως υπάρχει περίπτωση να διαιρείται κάτι με το 0. Επήσις, τσέκαρε τις συνθήκες των for,if (πχ μήπως σε κπ for η συνθήκη δεν είναι στη μέση). Τέλος παίζει να είναι και overflow σε κπ μεταβλητή.

Οκ, αύριο με το καλό θα το τσεκάρω. Thanks  for the advice  8))

Tίποτα..!! Να ξέρεις παίζει να μην πέσω και μέσα μην σε πάρω στο λαιμό μου...

Υπάρχει περίπτωση με πολλές Isend και με μεγάλο Ν να γεμίσει ο  send ή ο receive buffer κ να βγάζει exit code 139 segmentation fault?

Καλησπέρα παιδιά και καλές γιορτές!
Εχει κανείς κάποιους ενδεικτικoύς χρόνους εκτέλεσης για τον σειριακό αλγόριθμο;
(Χωρίς καθόλου MPI)

Eπιπλέον....

(http://i68.tinypic.com/orufb9.jpg)

Και πέρσι ειχε κάτι αντιστοιχο σε χριστουγεννιάτικο δέντρο. Καλό για να απαλύνει τις φρίκες που τρως από το μάθημα. xD

πάω να κάνω compile στον διάδη και μου πετάει "/usr/bin/ld: final link failed: No space left on device
collect2: ld returned 1 exit status".

Τι παίζει;

Χρησιμοποιείς αρχεία;(για εισαγωγη δεδομένων)

όχι φίλε μου!

Δοκίμασε και στο cluster,μπορεί να έχει θέμα ο Διάδης.
Πολύ πιθανό σφάλμα πάντως όταν πας να τρέξεις το πρόγραμμα σε διαφορετικό υπολογιστή~filesystem~OS

Θα το δοκιμάσω φίλε μ ευχαριστώ.

Αρκεί η διάλεξη για το grid στο ethmmy, για την εξήγηση του πως να τρέξω mpi στο cluster?

Θελω να πιστεύω πως ναι!

Yπάρχει ένα βίντεο στο youtube με ένα παράδειγμα υποβολής παράλληλου MPI JOB στο grid.

Μπορεί να μου πεί κάποιος τι <VO> βάζουμε στο voms-proxy-init (λεπτό 7:19) ;;

Και αν πέρα απο τις οδηγίες που μας έστειλαν στο authmail μας για την εγγραφή, χρειαζόμαστε να κάνουμε κ κάτι άλλο;

https://www.youtube.com/watch?v=-CE0BLW2e8Q

Δώσε λινκ ή κάνε embedd να ξέρουμε για τι μιλάμε!  :D ;)

Ερώτηση σε όσους προχώρησαν στο MPI:
Εχει νόημα να βάλουμε σε γενικές γραμμες send,recv αντί για lsend,lrecv
(Blocking ή non-blocking?)
Γενικά πιστεύετε ότι θα χρειαστούν ιδιαίτερα διαφορετικές συναρτήσεις πέρα από τι κλασσικές?
send ,recv, bcast alltoall κλπ?

χαχα ξεχαστηκα φιλε οριστε

 https://www.youtube.com/watch?v=-CE0BLW2e8Q

χωρις να εχω κανει mpi, κανω τις εξης υποθεσεις:

για το κομματι της αρχικης ανταλλαγης κουτιων μεταξυ processes, φανταζομαι εξαρταται παρα πολυ απο το πως επιλεξεις να κανεις τις επικοινωνιες, δηλαδη με ποια σειρα και πως θα τα στελνεις (πχ η εργασια Χ στελνει πρωτα στην εργασια 0, μετα σητν εργασια 1, κλπ).
Το send, κατα την γνωμη μου, θα πρεπει να ειναι blocking, ωστε να πρεπει να αποσταλει το καθε πακετο για να "ξεμπερδευουμε" με αυτο, ενω το receive non blocking ωστε να μην περιμενεις μια αποστολη τζαμπα πολυ ωρα.
 αλλα φανταζομαι με λιγο καλο συγχρονισμο των διεργασιων σε αυτο το σημειο, και με την επινοηση ενος εξυπνου τροπου επιλογης του σε ποιον να στελνει καθε φορα η διεργασια και με ποια σειρα, τοτε δεν θα υπαρξει ιδιαιτερο θεμα (bottlenecks Κλπ)

για το σημειο του search, ειναι πιο ξεκαθαρο οτι το send πρεπει να ειναι blocking, ωστε να περιμενει η διεργασια να γινει η αναζητηση σε γειτονικο κουτι, καθως χρειαζεται αμεσα το αποτελεσμα
ενω το receive να μην ειναι blocking καθως μπορει να μην εχει ζητησει κανεις επικοινωνια με την συγκεκριμενη διεργασια
για το search, οπου send εννοω το αιτημα που θα στειλει μια διεργασια προς μια αλλη διεργασια, οταν θελει να ψαξει σε ενα κουτι της. αφου γινει αυτο, θα υπαρξει μια ακομα ανταλλαγη δεδομενων φανταζομαι, με το αποτελεσμα της αναζητησης.
δηλαδη:

ΔΙΕΡΓΑΣΙΑ Α: Ε ψιτ, θελω να ψαξεις στο κουτι Χ ποιο σημειο ειναι πιο κοντα στο σημειο μου Q (block μεχρι να ληφθει το μηνυμα)
ΔΙΕΡΓΑΣΙΑ Β: (οταν ερθει η ωρα του receive της) Ακουω. ΟΚ, ελαβα, και ψαχνω
ΔΙΕΡΓΑΣΙΑ Α: blocking receive μεχρι να της ερθει το αποτελεσμα απο την B
ΔΙΕΡΓΑΣΙΑ Β: Ελα, μαν, βρηκα το σημειο C, ειναι ο καλυτερος υποψηφιος (send, blocking or nonblocking, ο Α περιμενει)
ΔΙΕΡΓΑΣΙΑ Α: ΟΚ, ελαβα, συνεχιζω την αναζητηση
ΔΙΕΡΓΑΣΙΑ Β: ΟΚ, συνεχιζω την αναζητηση

Δεν ξέρω αν χρειάζεται να μπλέξεις με .jdl αρχεία...( :???:)
Tα .pbs δεν σου κάνουν την δουλειά;
Δεν έχω καταλάβει σε πιο κομμάτι δεν καλύπτεσαι..
Δεν γνωρίζω κάτι πάνω στο κομμάτι του video που αναφέρεις.
Προσδιόρισε τι ακριβώς δεν σου βγαίνει..

Eυχαριστώ για τα σχόλια φίλε,μόλις προχωρήσω θα γράψω και γω κάτι πάνω σε αυτό.
Εχεις μήπως κάποιους ενδεικτικούς χρόνους κάποιας serial implementation πάνω στις προδιαγραφές που δίνονται;

~28sec για 2^21 σημεια Q και C, 2^16 κουτια σε 1 process
~40sec για 2^21 σημεια Q και C, 2^14 κουτια σε 1 process
~85sec για 2^21 σημεια Q και C, 2^12 κουτια σε 1 process

~65sec για 2^22 σημεια Q και C, 2^16 κουτια σε 1 process

αυτοι ειναι local χρονοι (με ι3) και οχι στο γκριντ

περισσοτερα σημεια τοπικα, απλα βαριεμαι να περιμενω :P

Αν γνωρίζει κάποιος παρακαλώ ας βοηθήσει,

Έχω σε έναν πίνακα float **initial_points, τα N/P τυχαία σημεία μιας διεργασίας. Ο πίνακας αυτός είναι μεγέθους [N/P γραμμές]x[3 στήλες], ώστε οι συντεταγμένες κάθε σημείου να αποθηκεύονται συνεχόμενα στην μνήμη (μου φαίνεται κάθε γραμμή αποθηκεύεται συνεχόμενα στην μνήμη). Επιπλέον, τα σημεία αυτά είναι ταξινομημένα ανάλογα με την διεργασία στην οποία πρέπει να πάνε.

Επίσης, έχω και δυο πίνακες, τους *counts και *displs μεγέθους P. Ο πρώτος περιέχει πόσα σημεία του πίνακα initial_points πρέπει να πάρει η κάθε διεργασία, ενώ ο δεύτερος περιέχει τη θέση στον πίνακα initial_points, από την οποία πρέπει να αρχίσει να λαμβάνει μια διεργασία.

Αν μπορεί κάποιος, ας βοηθήσει με την σύνταξη της εντολής MPI_Alltoallv. Θέλω, με βάση τα στοιχεία που περιέχουν οι παραπάνω πίνακες, να στείλω γραμμές των 3 στηλών από κάθε μια διεργασία, σε κάθε άλλη. Βρήκα παράδειγμα, μόνο που αναφερόταν σε πίνακα μιας διάστασης. Έχω κάνει μια δοκιμή, όμως δεν πολύ βγάζω άκρη.

*** edit: Επίσης, για τους buffers στους οποίους θα αποθηκευτουν τα στοιχεία που θα λάβει μια διεργασία από τις άλλες, πρέπει να έχω ορίσει μέγεθος μνήμης πιο πριν? Η το κάνει μόνη της η Alltoallv????

αντι να εχεις εναν δισδιαστατο πινακα για τις συντεταγμενες, σκεψου την πιθανοτητα να φτιαξεις ενα struct για τα σημεια, δηλαδη ενα struct με 3 floats μεσα, για τα χ,ψ.ζ
και μετα χρειαζεσαι μονο εναν μονοδιαστατο πινακα με στοιχεια αυτο το struct.

Τότε όμως δεν θα πρέπει να δημιουργήσεις δικό σου MPI_Datatype ?

---------------

Χρησιμοποιώ αυτό το scriptaki για να κάνω qsub το job μου. Μήπως μπορεί να με βοηθήσει κανείς στην σύνταξη της for ώστε να τρέξει το job για όλους τους συνδυασμούς Ν και numboxes(n*m*k) για δεδομένο αριθμό tasks (nodes*ppn) ?

#!/bin/sh
#PBS -q auth
#PBS -N mpi-myprogram
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=16:ppn=4

cd $PBS_O_WORKDIR
export NP=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

export I2G_MPI_TYPE=mpich2
export I2G_MPI_APPLICATION=myprogram
export I2G_MPI_APPLICATION_ARGS="ProtoOrisma DefteroOrisma"  #οπου το πρώτο όρισμα είναι η δύναμη του Ν, και το δεύτερο η δύναμη του numboxes=(n*m*k)

for arg in ??????
do
     export I2G_MPI_APPLICATION=myprogram>results.$arg
        export I2G_MPI_APPLICATION_ARGS=$arg
        $I2G_MPI_START

done

~28sec για 2^21 σημεια Q και C, 2^16 κουτια σε 1 process Eγώ 78sec
~40sec για 2^21 σημεια Q και C, 2^14 κουτια σε 1 process Εγώ 300sec

αυτοι ειναι local χρονοι (με ι3) και οχι στο γκριντ
με core2duo

Kαλησπέρα παίδες,
έχει δοκιμάσει κανείς να τρέξει στο grid πολυπήρυνο;
ζήτησα 8 nodes-16 ppn και έχω βαρεθεί να περιμένω
έχει (ουτε εγώ δεν θυμάμαι) πόση ώρα που είναι ακόμα queued...
Ζήτησε κανείς μέχρι τώρα ανάλογους πόρους να ξέρουμε πόση ώρα περιμένουμε?

edit:
Για 1 node και  #x ppn δεν περιμένω πολύ.Το grid δέχεται  μέχρι 64(pow of 2) ppn.
Για >1 έστω 2 nodes και 64πχ ppn... όπως και νωρίτερα...περιμένω πολύ...δεν έχει τελειώσει ούτε
μια φορά προκειμένου να ξέρω πόσο θα πρέπει να περιμένω  >:( >:( >:(

δεν υπάρχει ελπίδα φίλε μου. χθες το βράδυ ζήτησα 16nodes με 2ppn (ή 8 επι 4 δεν θυμαμαι) και ακομη περιμενω!!

Εγώ πέρσι για 16*2 παίζει να περίμενα καμιά βδομάδα, αλλά είχε προκύψει θέμα με την κίνηση τότε. Γενικα αργεί πολυ, να ξέρετε.

happy new year

Μπορείς να αποθηκεύεις προσωρινά σε εναν float *, να στέλνεις και να υποδέχεσαι σε εναν άλλον float *

δεν είναι τόσο δύσκολο να φτιάξεις Datatype πάντως. Δες στο tutorial που έχει μέσα στην εργασία έχει παράδειγμα.

Ρε παίδες, προς το παρον εχω φτιάξει εναν τριπλό ποιντερ με την αρίθμηση των κουτιών (0 - (Αρ.κουτιων -1)) που θεωρώ λογικό...
Τώρα απο κει και πέρα πως θα οριοθετήσω ενα μάτσο κουτιά σε κάθε διεργασία ?
Εχω τις διεργασίες και τα κουτιά δλδ, δε ξερω πως ακριβώς να αναθέσω στη κάθε εργασία τα κουτιά

δεν καταλαβα γιατι εχεις τριπλο ποιντερ.
δηλαδη ξερω γω ?

Μάλλον εννοείς τρεις συντεταγμένες και μέσα ένα struct για τα σημεία;

Ερώτηση: Αν βάλω ας πούμε λίγα σημεία, υπάρχει περίπτωση ένα σημείο να βρίσκεται σε ένα κουτί και να μην υπάρχει άλλο σημείο ούτε σε εκείνο το κουτί, ούτε στα γειτονικά του, άρα θα πρέπει να ελέγξουμε σε ακόμη μεγαλύτερη εμβέλεια. Να αγνοήσω τέτοια περίπτωση; (λίγο παρανοϊκό, αλλά ποτέ δεν ξέρεις)

το ελαχιστο Ν σημειων q και c ειναι 2^20
τα μεγιστα κουτια ειναι 2^16
ψαχνουμε σε 27 κουτια για 1 σημειο
κανονικη κατανομη

ειναι νομιζω αρκετα ασφαλες να κανεις αυτη την υποθεση

Οχι, ειναι τοσο μικρη η πιθανοτητα που καλυτερα να παιξεις πολλα τζοκερ συνεχομενα και να ελπιζεις οτι θα τα κερδισεις ολα.

Αφου εχουμε ομοιομορφη κατανομη μπορεις να υπολογισεις ακριβως την πιθανοτητα να συμβει αυτο που λες. Ξερεις ποση ειναι η πιθανοτητα ενα σημειο να πεσει σε ενα κουτι (ειναι 1 / πληθος_κουτιων λογω ομοιομορφης κατανομης), αρα ειναι 1 - αυτη_την_πιθανοτητα να μη μπει σε ενα κουτι. Αρα για να γινει αυτο για καθε σημειο εχεις ( 1 - αυτη_την_πιθανοτητα ) ^ Ν.
Επομενως με inclusion - exclusion principle μπορεις να καταληξεις σε εναν τυπο που σου δινει την ζητουμενη πιθανοτητα ( δηλαδη ειναι το αθροισμα (Πληθος_κουτιων ορων) των πιθανοτητων να ειναι καποιο κουτι αδειο κι ας κανουν τα υπολοιπα ο,τι θελουν, μειον το αθροισμα (Πληθος κουτιων choose 2 ορων) των πιθανοτητων να ειναι δυο ταυτοχρονα αδεια και τα αλλα τρεχα γυρευ, συν το αθροισμα να ειναι τρια ταυτοχρονα, μειον ... ).
Ενα upper bound σε αυτο ειναι να παρεις μονο το αθροισμα των πιθανοτητων ενα να ειναι αδειο. Επομενως η πιθανοτητα σου ειναι :
πληθος_κουτιων * (1 - αυτη_την_πιθανοτητα)^Ν
Στο χειροτερο τεστ λοιπον ( 2^16 τα κουτια και 2^21 το Ν ) μιλαμε για πιθανοτητα φραγμενη απο πανω απο 2^16 * (1-1/2^16)^(2^21) = http://www.wolframalpha.com/input/?i=2^16+*+%281-1%2F2^16%29^%282^21%29 (http://www.wolframalpha.com/input/?i=2^16+*+%281-1%2F2^16%29^%282^21%29)

Κι αυτη η αναλυση αναφερεται στην περιπτωση ενα μονο κουτι να ειναι αδειο! Το ενα αδειο κουτι ομως δεν ειναι καν προβλημα, το προβλημα μπορει να αρχισει μονο απο δυο αδεια κουτια και μετα, ωστε να ειναι αδειο και το παρον κουτι, και καποιο γειτονικο, και η απαντηση να βρισκεται σε ενα παραγειτονικο προς την ιδια κατευθυνση με το αδειο (και παλι ακομα και να συμβει αυτο το παρανοικο σεναριο, υπο καποια μικρη πιθανοτητα θα υπαρξει nearest neighbor στο παραγειτονικο κι οχι σε καποιο αλλο απ τα γεματα γειτονικα).

Σωστός... Αν θυμάμαι καλά μας είχε πει και στο μάθημα να μην ασχοληθούμε με άδεια κουτιά....
Αρκεί οι τυχαίοι αριθμοί να είναι ομοιόμορφοι. Δηλαδή να αρχικοποιήσουμε τη rand με ένα συνδυασμό rank διεργασίας και ώρας ρολογιού.

κανενα hint για αυτο το τελευταιο;

εγώ εχω βάλει ενα :

local_seed = time(NULL) + 100 * rank;
srand(local_seed);

το οποίο είναι άχρηστη ποζεριά, απλά θες κάτι που αλλάζει απο πρόσες σε προσες για να έχεις και διαφορετικό seed ( μονο το rank νομίζω αρκεί )

όχι εχω ενα τριπλο ποιντερ σε ιντ και εχω αριθμήσει τα κουτία με εναν δικό μου τρόπο ...
Στην ουσία το έχω για εύκολο τρόπο να βρίσκω το id ενος κουτιού μόνο με Box [ x ] [ y ][ z] το οποίο έχει τι τιμή (id) του κουτιού

με βάζει τις συντεταγμένες (του κουτιού) δλδ επιστρέφω το id

Δεν είναι καθόλου άχρηστη ποζεριά, είναι απαραίτητο να κάνεις κάτι τέτοιο γιατί η κλήση της rand() από μόνη της δεν είναι thread-safe.

Thankssss 8)) 8)) 8))

Ρε παιδια, εχω χαθει λιγο με το πως κανουμε υποβολή στο grid. εχει βγαλει κανεις ακρη, να μας τα πει λιγο λαικα, μιας που ειμαστε και λαικα παιδια; (καρΓιες οταν το λαηκο πεδι σας λεη να ανεβασεται την εργασηα στον διαδη, το λετε πασκλας και συντιριτικο, οταν ομως ο μεταπτηχιακος χλεμπουρας απο τα μετσοβια πολιτεχνια σας πη για το ελλασγκριντ σταζετε και μαθαινετε ολες τις γιουνιξ εντολες σαν την βιβλο )

 χαχαχα θέλω να μου το κάνεις με μεμε...

Κανείς;  :-\

Αυτό κανονικά πάει στο "ξεριζώστε..."

Για όσους έχουν χαθεί (όπως είχα και εγώ) σχετικά με την υποβολή στο γριντ ακολουθήστε τα βήματα:

1)login sto grid μεσω τερματικού λινουξ (ssh κλπ) ή PuTTy

2)upload το .c αρχείο σας με scp myfile.c username@ui.afroditi.hellasgrid.gr:/mnt/scratchdir/home/username/

3)τώρα στην κονσόλα που είστε συνδεδεμένοι στο γκριντ πατήστε module load mpich2

4) μετα mpicc myfile.c -o myprogram (opou myprogram onomazetai opos 8elete to executable)

5)και τωρα πρεπει να φτιαξετε το σκριπτακι που θα κανετε υποβολη .
πατατε nano run.sh και γραφετε αυτα:


όπου myprogram είναι το όνομα του executable
στα nodes kai ppn ρυθμιζετε τα τασκς

και στα ARGS βαζετε με την σειρα τυχον ορισματα που εχετε στο προγραμμα σας

6)το σωζετε ως run.sh  και πατατε qsub run.sh για την υποβολη του.

7) ειστε κομπλε περιμενετε μεχρι να σας βγαλει ενα αρχειο με τα output της κονσολας (πατατε qstat να δειτε status)

Παιδιά εγώ έχω ένα περίεργο bug. Τα τυχαία σημεία παράγονται κανονικά και μετά τα στέλνω σε άλλες διεργασίες για να κρατήσουν όσα τους ανήκουν. Όμως αν ελέγξω τον buffer λήψης κάποια σημεία δεν έχουν ληφθεί κανονικά και είναι μηδενισμένα (όλες οι συντεταγμένες τους που στέλνω). Το παράξενο είναι ότι τα περισσότερα σημεία φτάνουν κανονικά, ενώ ένα 10% (σε κάθε διεργασία!) από αυτά φτάνουν μηδενισμένα (άρα δεν φτάνουν). Φαντάζεται κανείς τι μπορεί να φταίει???
Κατά τα άλλα για τα σημεία που φτάνουν φυσιολογικά το πρόγραμμα δουλεύει σωστά!  :(

Υπάρχει κάποιος που να έχει νιώσει καλά το κομμάτι της αναζήτησης μεταξύ των διεργασιών για να βοηθήσει λίγο?

Αρχικά, θεωρήσαμε 4 περιπτώσεις για ένα σημείο q. ‘Η θα είναι εσωτερικό στον χώρο που ορίζεται για την διεργασία, οπότε γίνεται σειριακή αναζήτηση σε 27 συνολικά κουτιά, ή θα βρίσκεται σε μια κάθετη πλευρά στον χώρο της διεργασία (χρειάζεται μέχρι μια επικοινωνία με μια άλλη διεργασία) ή σε μια ακμή (μέχρι 2 επικοινωνίες) ή σε μια γωνία του χώρου της διεργασίας (μέχρι 3 επικοινωνίες).

Το θέμα είναι με τι προτεραιότητα γίνονται όλα αυτά και ποιες διεργασίες μπλοκάρουν κάθε φορά. Δηλαδή, έστω η διεργασία Α εντοπίζει ότι το q βρίσκεται στην κάθετη εξωτερική επιφάνεια του χώρου που ορίζει. Στέλνει μήνυμα στην διπλανή της Β και ζητάει να βρεθεί η ελάχιστη απόσταση από το q για κάποια κουτιά, που τα έχει δηλώσει.

Τι κάνει η Α έπειτα? Μπλοκάρει μέχρι να πάρει απάντηση? Συνεχίζει στο επόμενο q από αυτά που έχει? Θα κοιτάξει να ικανοποιήσει κάποιο άλλο μήνυμα?

Και τώρα η Β. Αυτή, λογικά αν για παράδειγμα εκτελούσε αναζήτηση για ένα qB, φαντάζομαι ότι πρώτα πρέπει να τελειώσει την αναζήτηση που ήδη εκτελεί και μετά να ικανοποιήσει το αίτημα έτσι? Το αίτημα θα το ικανοποιήσει αμέσως μόλις τελειώσει με το qB, δηλαδή πριν αρχίσει την αναζήτηση για ένα επόμενο qB έτσι? Η’ θα το αφήσει για αργότερα? Αν αργότερα , ποσό αργότερα γιατί φαντάζομαι ότι υπάρχει πιθανότητα να γεμίσει ο buffer της Β.

Όλη αυτή την ώρα η Α θα είναι μπλοκαρισμένη? Και αν δεν είναι τι μπορεί να κάνει χωρίς να προκύψει μεγάλο μπέρδεμα και να είναι πιο απλή η λύση?

Μήπως είναι καλύτερα, να εκτελεί η κάθε διεργασία πρώτα τις εσωτερικές αναζητήσεις και στο τέλος να στέλνει διάφορα αιτήματα σε πολλές διεργασίες (για περισσότερα του ενός σημεία qA) με το τι δουλεία της έχει απομείνει που πρέπει να καλυφθεί από τους παραλήπτες.

Γενικά, θα με ενδιέφερε να μου προτείνεται μια σχετικά απλή λύση με όσο το δυνατό λιγότερες επικοινωνίες. Στη φάση που είμαι έχω λίγο χαθεί. 

Καλές γιορτές.


***edit: Θεωρείται σωστή η λύση να στέλνουμε σημεία C (σταθερά), από μια διεργασία Α στις διεργασίες με τις οποίες εφάπτεται???  Έτσι, οι υπόλοιπες διεργασίες να μπορούν να ολοκληρώσουν της αναζητήσεις μόνες τους?? Με τον τρόπο αυτό πάντως έχουμε λίγες επικοινωνίες μεταξύ των διεργασιών, αν και μεγαλύτερες σε μέγεθος.

Τελικά ΟΚ. Κάθε φορά τα 3 τελευταία στοιχεία που έστελνα περνούσαν για άγνωστο λόγω μηδενισμένα!!
Το πρόβλημα λύθηκε όταν στο count σε send/receive πρόσθεσα αφθαίρετα 4 θέσεις..!!  :P

Έχεις πρόβλημα στη διαχείρηση μνήμης αν κάποια στιγμή σου πετάξει segmentation fault να ξες τι θα φταίει.
Αυτό βέβαια μπορεί να μη σου φανεί ποτέ όταν θα το τρέξεις (σου το εύχομαι!).

1) Παίζει να έχετε βρει τρόπο να χρησιμοποιήσετε σύνθετες εντολές; Εγώ μέχρι στιγμής ό,τι σκέφτομαι έχει να κάνει με το να στέλνω κάθε κουτί ξεχωριστά..
2) Μία ακόμα ερώτηση, αν ας πούμε θέλετε ένα κουτί που το έχει άλλο process, υπάρχει τρόπος να το <<ζητήσετε>> (όποιος κατάλαβε, κατάλαβε);

Παιδιά και γω εχω αυτό το θέμα, υπάρχει τρόπος, να ζητήσουμε κάτι και το άλλο προσεςς να μπλοκάρει, να μας απαντήσει, και να συνεχίσει ?

Εγώ έχω σε συγκεκριμένες θέσεις σε κάθε process ζευγάρια send,receive. Αλλά πάντα μέσα σε if ώστε αν δεν χρειάζετε η δοσοληψία να παρακάμπτεται. Αν όλες οι επικοινωνίες είναι ζεύγη (στέλνω σε κάθε γείτονα και περιμένω να λάβω) νομίζω δεν χρειάζεται να ζητήσεις. Όταν χρειαστεί στέλνεις/λαμβάνεις.
Έτσι το έχω εγώ τουλάχιστον, με μηνύματα Isend/Irecv από process σε proccess μέσα σε λούπες κάθε φορά.

δεν πολυκαταλαβα τι εννοεις :-\
το προβλημα που εχουμε ειναι οτι θελουμε να παρουμε καποια στοιχεια απο καποια αλλη διεργασια, χωρις να θελουμε να στειλουμε κατι σε καποια αλλη
αν κανουμε αυτο ομως με το if που λες, δεν θα πρεπει να στελνουμε κιολας κατι?ή δεν εχω καταλαβει καλα?

Καλά κατάλαβες.Γενικά εγώ έχω αρκετά διαφορετική λογική. Βρίσκω ποια είναι τα γειτονικά κουτιά κάθε φορά και μετά τους στέλνω τα στοιχεία του κουτιού μου. Μετά περιμένω να μου στείλουν και τα γειτονικά αυτά. Αυτό γίνεται για ενα-ένα γειτονικό κουτι σε λούπα. Έτσι όπως το σκέφτηκες δεν μπορώ να φανταστώ κάτι, γιατί δεν ξέρεις κάθε πότε ζητάς στοιχεία...  :(

ααα ευχαριστωωωωωωω  :D :D
τωρα ενιωσα

απλως ειχα σκαλωσει χθες, και ελεγα μπας κ υπαρχει καποιος τροπος να γινει αυτο π ελεγα και δεν το χα σκεφτει

Ξέρει κανείς ποιο header πρεπει να βάλουμε για τις μαθηματικες πραξεις; οταν βαζω το <math.h> , το grid δεν μου αναγνωρίζει την συναρτηση ρίζας (sqrt () ) .

??

Όταν κάνεις compile, πρέπει να βάζεις -lm στο τέλος της εντολής. Tο grid δεν χρειάζεται κάτι μετά

πως δηλαδη;  mpicc myfile.c -o myprogram -Im ??

Ναι. Φυσικά πρέπει να έχεις και #include <math.h> μέσα στο αρχείο κώδικα.


btw http://stackoverflow.com/questions/1033898/why-do-you-have-to-link-the-math-library-in-c

ok thanks!!!

Μου βγάζει error στο mpirun , λέει οτι δε μπορεί να βρεί το εκτελέσιμο. (no such file or directory). Με το %mpirun -np x file.o. Έχω προσπαθήσει και να βάλω ολόκληρο το Path,και πάλι τίποτα.Έχει κάποιος καμιά ιδέα για το τι μπορεί να παίζει?

./file.o μήπως;

Αν μας βγαζει στο Grid  State: R Και Time use: 00:00:00 τι σημαίνει;

Νομίζω σημαίνει πως απλά έχει ξεκινήσει να τρέχει...
Αν παρατηρήσεις όταν έχει σκέτο R και έχεις πχ 3 διεργασίες σκέτο R,η πιο σύντομη τελειώνει νωρίτερα...ακόμα και αν έχει κατατεθεί αργότερα,όταν όμως έχει ήδη time use τότε τελειώνει νωρίτερα αυτή με time use...

Eρώτηση,καταφέρε κανείς να τρέξει 64 ή 128?

Συγγνωμη ρε φιλε, αλλα δεν καταλαβα τι ειπες :P

μπορει καποιος που ανεβασε την εργασια στο grid, να μου πει περιπου ποσο χρονο αναμονης ειχε  μεχρι να του την τρεξουν?

Εξαρτάται από τα nodes που ζητάς. Άμα βλέπεις ότι κάτι αργεί, υποδιπλασίασε τα nodes και διπλασίασε το ppn (τώρα για p=2^7 δεν ξέρω αν προλαβαίνεις να πάρεις μέτρηση, εκεί πρέπει αναγκαστικά να ζητήσεις πολλά nodes.)

-------

Εντωμεταξύ μεγάλος καρκίνος αυτή η εργασία. Μακάρι να μην χρειαστεί να κάνω ξανά τέτοια εργασία.

Welcome to Παράλληλα και Διανεμημένα Συστήματα xD

Αμα δεν προλάβεις όλες τις μετρήσεις ζήτα να στείλεις συμπληρωματικό excel/report, δε νομίζω να έχουν πρόβλημα. Κλάψου λίγο για την αφροδίτη που αργεί να δώσει αποτελέσματα, δε θα έχεις άδικο.

Πρέπει γενικά να τις κάνω όλες τις μετρήσεις; Σοβαρά τώρα; Εγώ έλεγα να κάνω plot κάμποσες που φτάνουν για να βγάλω συμπεράσματα και όχι απλά να τις πετάξω όλες


edit: Εντάξει τρόμαξα λίγο, αλλά σιγά μην τις θέλει όλες. Είναι πάρα πολλές

Ισχύει ότι μέχρι ένα σημείο αρκεί αν σου έχει πάει καλά ο κώδικας. Και σε εμένα πέρσι ήταν εμφανής η αυξανόμενη βελτίωση και κανονικά για 2^3, άντε 2^4, θα αρκούσε, κατά τη γνώμη μου πάντα. Παρόλα αυτά έστειλα συμπληρωματικό excel.... Αφού ζητούσε μέχρι 128(2^7) τι να έκανα...; :D

Εχε υπόψη ότι δεν ξέρω ακριβώς με τι έχει να κάνει η εργασία, όταν λες όλες τις μετρήσεις αναφέρεσαι στον αριθμό των tasks και το μέγεθος προβλήματος ως παραμέτρους; Ή έχετε και άλλες εσείς;

edit: μην αγχώνεσαι γενικά, εμάς δε βγαίναν πάρα πολλές, γι' αυτο τις ήθελε όλες

Δεν είναι τόσο ότι αγχώνομαι, όσο το ότι βαριέμαι :P

ξες μηπως αν ειναι εντάξει αν ανεβάσουμε την εργασία 2-3 μέρες μετα την διορία?

Μη σε πάρω στο λαιμό μου αλλά 99% δε θα σου πούνε κάτι.

Ενα bug που μου εφαγε περιπου πεντε ωρες σημερα ειναι το εξης:

Ειχα :
struct Point {
  float dimension[3];
};

και δεν ειχα δηλωσει copy costructor, δηλαδη
Point( const Point &obj ) {
  for ( int i=0; i<3; ++i ) {
    dimension = obj.dimension;
  }
}

Ετσι οταν εκανα Point a = b, δειχνανε απλως και οι δυο στον ιδιο πινακα. Οποτε ενω αρχικα φαινοταν οκ, αν αλλαζε ο ενας αλλαζε αυτοματα και ο αλλος.

Επιπλεον, υπαρχουν δυο ειδων επικοινωνιες.
Μια που παραγουμε τα σημεια και τα στελνουμε στο καταλληλο process, και μια που στελνουμε τις απαντησεις μας στον 0.
Παροτι η πρωτη μορφη επικοινωνιας εχει ενα ξεκαθαρο ανω οριο στοιχειων που μπορουμε να στειλουμε (συνολο σημειων / πληθος διεργασιων), η δευτερη μορφη μπορει στη χειροτερη περιπτωση να χρειαστει να στειλει ακομα και Ν σημεια. Βεβαια το expected ειναι το ιδιο, συνολο_σημειων/πληθος_διεργασιων, αλλα αυτη τη φορα μιλαμε πιθανοτικα. Εγω εβαλα 2 φορες αυτο το φραγμα για να δουλεψει σιγουρα (οχι σιγουρα, αλλα εξαιρετικα πιθανα).

Μπορειτε να ποσταρετε τους χρονους σας, να εχουμε ενα μετρο συγκρισης;

hey! μπορειτε να συνδεθειτε στο hellasgrid ? παω να κανω ssh και μου λεει permission denied (ναι τσεκαρα αν ο κωδικος μου ειναι σωστος :P )

νο νο νο

πωωω τι ειπες τωρα... και γω κανω ακριβως το ιδιο, δεν ήξερα καν οτι χρειαζεται να κανουμε κατι τετοιο. Θενξ !

Grid still down... >:(

αστο και σιγα μην λειτουργησει σημερα

παντως στειλαμε μειλ στον σισμανη, και ειπε να ανεβασουμε την αναφορα με οτι εχουμε κανει κ με μετρησεις είτε απο διάδη ή απο τον υπολογιστή μας
και να στείλουμε εκπρόθεσμα τα υπολοιπα αποτελεσματά όταν τα παρουμε

δοκίμασε κανείς mpi στο diades ;

Δε νομιζω να αξιζει τον κοπο, αφου επιτρεπουν να στειλουμε και εκπροθεσμα τα αποτελεσματα.

Μια παρατηρηση για τις δοκιμες. Αν βαλεις το flag -O3 στο compile, και δεν τυπωνεις τιποτα, μπορει να προσπερασει πολλα πραγματα αφου εν τελει δε δινουν αποτελεσμα!
Βαλτε στο τελος μια απλη printf που να τυπωνει την απαντηση του τελευταιου ζευγαριου για να ειστε ενταξει.

Εγω δεν ειχα βαλει να τυπωνει και μου εβγαινε χωρις grid πιο γρηγορη η απαντηση απ ο,τι με grid, απλως διοτι ουσιαστικα στην solve δεν εμπαινε καθολου.

Χωρις Αφροδιτη τρεχουμε αναγκαστικα στο diades, οποτε δεν ξερω ακομα πως γινεται script που να τρεχει αυτοματα ολα τα αποτελεσματα στην Αφροδιτη.
Για το diades ομως, για σειριακα, μπορειτε να τρεξετε αυτο :


icc kNN.cpp && for n in {21..25}; do for grid in {12..16}; do (time ./a.out $n $grid 0) >> moxos.txt 2>&1 && echo "Done with N=$n, nmk=$grid"; done; done

Δοκιμαζει ολα τα N και nmk που ζηταει ο Πιτσιανης, τα δινει ορισματα μαζι με ορισμα το 0 στην περιπτωση μου, που του λεει να κανει 2^0 = 1 διεργασιες (ισως εσεις να μη το εχετε ετσι οποτε απλα διαγραψτε το 0 απο ορισμα), και βγαζει τα αποτελεσματα στο αρχειο moxos.txt

Εγώ έχω θέμα με το compile για mpi καθώς δεν έχει μέσα στο path το αντίστοιχο lib το είδα από το echo path κλπ. Οπότε το mpicc δεν τρέχει, στην Αφροδίτη  δίνεις την εντολή module load mpich2
στο diades πρέπει να κάνεις include για το gcc. Το θέλω κυρίως για debugging μέχρι να το τσεκάρω στην Αφροδίτη. Με icc μπορείς να τρέξεις mpi; Και εάν ναι ας γράψει κάποιος το command. Thanks!

λοιπον παιζει το προβλημα που χω να ναι τερμα ηλιθιο


αλλα οριζω ενα πινακα S διπλο ποιντερ που αποτελειται απο δομες
οριζω αρχικα με μαλλοκ την μια διασταση ολα κομπλε
μετα παω οριζω το μεγεθος για την πρωτη γραμμη κομπλε
οταν παω ομως να ορισω το μεγεθος για την δευτερη γραμμη απλως κολλανε τα παντα
τι μπορει να φταει?

Για να τρέξετε αυτόματα όλα τα αποτελέσματα στην Αφροδίτη:

Φτιάχνετε ένα πρώτο σκριπτάκι με όνομα: nns_mpi_yourName.sh
Και ένα άλλο με όνομα: run_all.sh
Μετά τρέχετε το run_all.sh ετσι: sh run_all.sh
Αν καθυστερεί πολύ: πατάτε qstat σημειώνεται αριθμό του job σας που αργεί,
και πατάτε τα εξής: qalter -l h_rt=2:00:00 αριθμός_job_σας
Με αυτό δουλεύει και είναι τεσταρισμένο. Καλή τύχη (& υπομονή για τα 16 nodes)!

Ετσι οπως το λες τιποτα :). Αν θες να δωσεις κωδικα μπορει κατι να βρουμε.
Γιατι οχι new ομως;

Ωραιος Γιαννη.

        int i,j,h,counter;
   

   S = (struct Point **)malloc(num_boxes * sizeof(struct Point *));
   if (S == NULL){
      printf("Cannot allocate memory for S... \n");
      exit(0);
   }
   for(i = 0; i < num_boxes; i++){
      counter = 0;
      S [ i ] = (struct Point *)malloc((num_points_in_box[ i ] + num_of_nei[ i ]) * sizeof(struct Point));
      if(S[ i ] == NULL){
         printf("Cannot allocate memory for S[%d]...\n",i);
         exit(1);
      }
}

γιατι να το κάνω με new?

edit: αυτο μας χτυπαει μονο οταν παμε να κανουμε το σειριακο
με το παραλληλο δεν εχουμε θεμα  >:( >:( >:(

Note #1:
Μη επιστρέφεται 0 όταν έχετε σφάλματα

see http://stackoverflow.com/a/9944880/2255129

Note #2:
Μην γράφετε μεγάλα κομμάτια κώδικα μέσα στα post, είναι δυσανάγνωστα

Χρησιμοποιήστε κάποια υπηρεσία για code/snippet sharing, με syntax highlight

• http://codepad.org/
• https://gist.github.com/

οκ boss θα ξερω για την επομενη φορα

Προσπαθω να βγαλω τον κωδικα του MPI αλλα ζοριζομαι πολύ, εχει μηπως καποιος κανα λινκ που να βοηθαει γιατι οι διαφανειες και τα tutorials που βρηκα ως τωρα ειναι χαωτικα

μου πεταει συχνα πυκνα ο grid σφαλμα "No space left on device". ακομα και για απλα πραγματα, τυπου νεα αρχεια μεγεθους μερικων byte. καμμια ιδεα για το τι παιζει?

Τον χρόνο πότε ακριβώς αρχίζουμε να τον μετράμε?? όταν δημιουργηθούν από την καθε διεργασία τα αρχικά Q και C σε όλο το χώρο??? μήπως μετά από την αποστολή στην κατάλληλη διεργασία στην οποία τα διαχειρίζεται?? ή μήπως μετά την ταξινόμηση των C και Q (που απστάλθηκαν στην κάθε διεργασία) στο σωστό κουτί στο οποίο ανήκουν, για κάθε διεργασία???


Επίσης, πόση ώρα κατά μέσο όρο το grid, μας έχει στην ουρά για αναμονή πρώτου εκτελέσει το Job μας. Τέλος, είδα τα τελευταία 2 scripts, αλλά δεν κατάλαβα τα αποτελέσματα που αποθηκεύονται?? Η γενικότερα που βγαίνει το Output (το οποίο στο Pc μας θα εμφανίζοταν στο terminal), για κάποιο job που υποβάλλουμε??

-( όταν καταχωρούμε τιμές στα όρισμα του εκτελέσιμο μας (grid), αν δεν τους ορίσουμε μέσω μιας μεταβλητής αλλά με νούμερο, βάζουμε αυτάκια "1" ή όχι??)

παιδιά όταν παω να υποβάλω script στο grid μου πετάει αυτό...

qsub: Unauthorized Request  MSG=group ACL is not satisfied: user mprouzos@ui3.afroditi.hellasgrid.gr, queue dteam

τι παίζει να φταίνει.??

*χρησιμοποιώ τα script που έχει βάλει πιο πάνω ο nlogn (nns_mpi_yourName.sh, run_all.sh)

Κανονικά μετράμε από τη στιγμή που δημιουργούνται τα σημεία (πριν την ταξινόμηση). Αν θες βάλε πάνω από μια μέτρηση ανάλογα και πως είναι το προγραμμά σου.
Το output θα βγει σε ένα αρχείο, στο φάκελο που έτρεξες το πρόγραμμα στο grid, που θα έχει όνομα το id του job που έτρεξες. Μόλις κάνεις qsub σου επιστρέφει αυτό το id και όταν τρέξει φτιάχνεται αυτό το αρχείο με ότι ήταν να βγει στην κονσόλα.
όταν δίνεις απευθείας τιμές θέλει αυτάκια ". Δες σε αυτό το topic σελίδα 9 κάποιος έχει ανεβάσει script που κάνει ακριβώς αυτό (και δουλεύει).
Ο χρόνος που θέλει είναι μπόλικος, καμία φορά πέφτει και το σύμπαν οπότε υπομονή....

+1 αν και εγώ έχω υποβάλει ήδη μερικά σκριπτς.. Τι φαση?

Βάλτε αυτό:

και στα 2 .sh αρχεία

ωραιος, κομπλε τώρα! σε καποια αρχεια το είχα και σε κάποια οχι... :S  :D ;D